CCR7 homology model

PROTEIN CLASS

Class A (Rhodopsin)

RECEPTOR

SPECIES

Homo sapiens

STATE

Active (Δ distance (Å): 8.99 docs)

VERSION

2018-07-10

MAIN TEMPLATE

US28 (sequence similarity: 49%) PDB: 4XT1

TEMPLATES

Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 80.8 10.1 9.1
Side-chains 29.2 48.4 22.4

Number of backbone templates: 5
Number of rotamer templates: 31

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4XT1
4ZUD
5UIW
5LWE
5VBL
None

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

Segment Seq.num. GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
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N-term 49 US28 4XT1 US28 4XT1
N-term 50 US28 4XT1 US28 4XT1
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TM1 57 1.31x31 US28 4XT1 - -
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TM1 63 1.37x37 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM1 64 1.38x38 US28 4XT1 - -
TM1 65 1.39x39 US28 4XT1 US28 4XT1
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TM1 68 1.42x42 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM1 69 1.43x43 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM1 70 1.44x44 US28 4XT1 P2Y12 receptor 4NTJ
TM1 71 1.45x45 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
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TM1 77 1.51x51 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
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TM1 80 1.54x54 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
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TM1 82 1.56x56 US28 4XT1 US28 4XT1
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TM1 85 1.59x59 US28 4XT1 CCR9 5LWE
TM1 86 1.60x60 US28 4XT1 - -
ICL1 87 12.48x48 - - - -
ICL1 88 12.49x49 AT1 receptor 4ZUD β2-adrenoceptor 4LDE
ICL1 89 12.50x50 AT1 receptor 4ZUD AT1 receptor 4ZUD
ICL1 90 12.51x51 - - - -
TM2 91 2.37x37 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM2 92 2.38x38 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM2 93 2.39x39 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM2 94 2.40x40 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 95 2.41x41 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM2 96 2.42x42 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 97 2.43x43 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM2 98 2.44x44 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM2 99 2.45x45 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 100 2.46x46 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 101 2.47x47 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 102 2.48x48 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM2 103 2.49x49 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 104 2.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 105 2.51x51 US28 4XT1 A2A receptor 5G53
TM2 106 2.52x52 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 107 2.53x53 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 108 2.54x54 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM2 109 2.55x55 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM2 110 2.56x56 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 111 2.57x57 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 112 2.58x58 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 113 2.59x59 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM2 114 2.60x60 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 115 2.61x61 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM2 116 2.62x62 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM2 117 2.63x63 US28 4XT1 CCR2 5T1A
TM2 118 2.64x64 US28 4XT1 CCR9 5LWE
TM2 119 2.65x65 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM2 120 2.66x66 US28 4XT1 P2Y12 receptor 4PXZ
ECL1 121 23.49x49 - - - -
ECL1 122 23.50x50 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
ECL1 123 23.51x51 CCR5 5UIW Rhodopsin 5DYS
ECL1 124 23.52x52 - - - -
TM3 125 3.21x21 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
TM3 126 3.22x22 CCR5 5UIW LPA1 receptor 4Z35
TM3 127 3.23x23 CCR5 5UIW A2A receptor 5G53
TM3 128 3.24x24 US28 4XT1 - -
TM3 129 3.25x25 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 130 3.26x26 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM3 131 3.27x27 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 132 3.28x28 US28 4XT1 A2A receptor 5G53
TM3 133 3.29x29 US28 4XT1 - -
TM3 134 3.30x30 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 135 3.31x31 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM3 136 3.32x32 US28 4XT1 CCR9 5LWE
TM3 137 3.33x33 US28 4XT1 CCR9 5LWE
TM3 138 3.34x34 US28 4XT1 CCR9 5LWE
TM3 139 3.35x35 US28 4XT1 CB1 receptor 5XRA
TM3 140 3.36x36 US28 4XT1 CB1 receptor 5XRA
TM3 141 3.37x37 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 142 3.38x38 US28 4XT1 A2A receptor 5G53
TM3 143 3.39x39 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM3 144 3.40x40 US28 4XT1 - -
TM3 145 3.41x41 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM3 146 3.42x42 US28 4XT1 CCR9 5LWE
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TM3 148 3.44x44 US28 4XT1 M2 receptor 4MQT
TM3 149 3.45x45 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM3 150 3.46x46 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 151 3.47x47 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM3 152 3.48x48 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM3 153 3.49x49 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 154 3.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 155 3.51x51 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 156 3.52x52 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM3 157 3.53x53 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 158 3.54x54 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 159 3.55x55 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 160 3.56x56 CCR9 5LWE CCR9 5LWE
ICL2 161 34.50x50 - - - -
ICL2 162 34.51x51 - - - -
ICL2 163 34.52x52 - - - -
ICL2 164 34.53x53 - - - -
ICL2 165 34.54x54 - - - -
ICL2 166 34.55x55 - - - -
ICL2 167 34.56x56 - - - -
ICL2 168 34.57x57 - - - -
ICL2 169 34.58x58 - - - -
ICL2 170 US28 4XT1 US28 4XT1
TM4 171 4.38x38 US28 4XT1 - -
TM4 172 4.39x39 US28 4XT1 CCR9 5LWE
TM4 173 4.40x40 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM4 174 4.41x41 US28 4XT1 PAR2 5NDD
TM4 175 4.42x42 US28 4XT1 CCR9 5LWE
TM4 176 4.43x43 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM4 177 4.44x44 US28 4XT1 US28 4XT1
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TM4 179 4.46x46 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM4 180 4.47x47 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM4 181 4.48x48 US28 4XT1 A1 receptor 6D9H
TM4 182 4.49x49 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM4 183 4.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM4 184 4.51x51 US28 4XT1 US28 4XT1
TM4 185 4.52x52 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM4 186 4.53x53 US28 4XT1 US28 4XT1
TM4 187 4.54x54 US28 4XT1 - -
TM4 188 4.55x55 US28 4XT1 CB1 receptor 5XRA
TM4 189 4.56x56 US28 4XT1 M2 receptor 4MQT
TM4 190 4.57x57 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM4 191 4.58x59 US28 4XT1 US28 4XT1
TM4 192 4.59x60 US28 4XT1 US28 4XT1
TM4 193 4.60x61 US28 4XT1 CCR9 5LWE
TM4 194 4.61x62 US28 4XT1 M2 receptor 4MQT
TM4 195 4.62x63 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM4 196 4.63x64 CCR5 5UIW C5a1 receptor 5O9H
TM4 197 4.64x65 CCR5 5UIW - -
ECL2 198 - - - -
ECL2 199 apelin receptor 5VBL - -
ECL2 200 apelin receptor 5VBL - -
ECL2 201 apelin receptor 5VBL - -
ECL2 202 apelin receptor 5VBL - -
ECL2 203 apelin receptor 5VBL - -
ECL2 204 apelin receptor 5VBL - -
ECL2 205 apelin receptor 5VBL - -
ECL2 206 apelin receptor 5VBL - -
ECL2 207 apelin receptor 5VBL - -
ECL2 208 apelin receptor 5VBL - -
ECL2 209 - - - -
ECL2 210 45.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
ECL2 211 45.51x51 US28 4XT1 κ receptor 6B73
ECL2 212 45.52x52 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
ECL2 213 - - - -
ECL2 214 CCR5 5UIW - -
ECL2 215 CCR5 5UIW - -
ECL2 216 CCR5 5UIW - -
ECL2 217 - - - -
TM5 218 5.33x34 US28 4XT1 - -
TM5 219 5.34x35 US28 4XT1 - -
TM5 220 5.35x36 US28 4XT1 5-HT2B receptor 5TUD
TM5 221 5.36x37 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 222 5.37x38 US28 4XT1 CB1 receptor 5XRA
TM5 223 5.38x39 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM5 224 5.39x40 US28 4XT1 CXCR4 3ODU
TM5 225 5.40x41 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 226 5.41x42 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 227 5.42x43 US28 4XT1 - -
TM5 228 5.43x44 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 229 5.44x45 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM5 230 5.45x46 US28 4XT1 P2Y12 receptor 4NTJ
TM5 231 5.46x461 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM5 232 5.47x47 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 233 5.48x48 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM5 234 5.49x49 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 235 5.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 236 5.51x51 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 237 5.52x52 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM5 238 5.53x53 US28 4XT1 - -
TM5 239 5.54x54 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 240 5.55x55 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 241 5.56x56 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM5 242 5.57x57 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 243 5.58x58 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 244 5.59x59 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM5 245 5.60x60 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM5 246 5.61x61 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 247 5.62x62 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM5 248 5.63x63 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 249 5.64x64 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM5 250 5.65x65 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM5 251 5.66x66 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM5 252 5.67x67 US28 4XT1 - -
TM5 253 5.68x68 US28 4XT1 C5a1 receptor 5O9H
ICL3 254 - - - -
ICL3 255 - - - -
ICL3 256 - - - -
ICL3 257 - - - -
TM6 258 6.30x30 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM6 259 6.31x31 US28 4XT1 - -
TM6 260 6.32x32 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM6 261 6.33x33 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 262 6.34x34 US28 4XT1 - -
TM6 263 6.35x35 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM6 264 6.36x36 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 265 6.37x37 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM6 266 6.38x38 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 267 6.39x39 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 268 6.40x40 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 269 6.41x41 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 270 6.42x42 US28 4XT1 CB1 receptor 5XRA
TM6 271 6.43x43 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 272 6.44x44 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 273 6.45x45 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 274 6.46x46 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM6 275 6.47x47 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 276 6.48x48 US28 4XT1 CCR9 5LWE
TM6 277 6.49x49 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 278 6.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 279 6.51x51 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 280 6.52x52 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM6 281 6.53x53 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM6 282 6.54x54 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM6 283 6.55x55 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM6 284 6.56x56 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM6 285 6.57x57 US28 4XT1 PAR1 3VW7
TM6 286 6.58x58 US28 4XT1 CCR9 5LWE
TM6 287 6.59x59 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 288 6.60x60 US28 4XT1 OX2 receptor 5WS3
TM6 289 6.61x61 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM6 290 6.62x62 US28 4XT1 - -
TM6 291 6.63x63 US28 4XT1 - -
TM6 292 6.64x64 US28 4XT1 - -
TM6 293 6.65x65 CCR9 5LWE - -
ECL3 294 - - - -
ECL3 295 CCR9 5LWE - -
ECL3 296 - - - -
TM7 297 7.24x23 CCR9 5LWE NTS1 receptor 5T04
TM7 298 7.25x24 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 299 7.26x25 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 300 7.27x26 US28 4XT1 NTS1 receptor 5T04
TM7 301 7.28x27 US28 4XT1 CCR9 5LWE
TM7 302 7.29x28 US28 4XT1 CB1 receptor 5XRA
TM7 303 7.30x29 US28 4XT1 CCR2 5T1A
TM7 304 7.31x30 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 305 7.32x31 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM7 306 7.33x32 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM7 307 7.34x33 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 308 7.35x34 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM7 309 7.36x35 US28 4XT1 5-HT1B receptor 4IAQ
TM7 310 7.37x36 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM7 311 7.38x37 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 312 7.39x38 US28 4XT1 M2 receptor 4MQT
TM7 313 7.40x39 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 314 7.41x40 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 315 7.42x41 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 316 7.43x42 US28 4XT1 - -
TM7 317 7.44x43 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM7 318 7.45x45 US28 4XT1 - -
TM7 319 7.46x46 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 320 7.47x47 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 321 7.48x48 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM7 322 7.49x49 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 323 7.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 324 7.51x51 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM7 325 7.52x52 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 326 7.53x53 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 327 7.54x54 US28 4XT1 μ receptor 6DDF
TM7 328 7.55x55 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 329 7.56x56 US28 4XT1 - -
H8 330 8.47x47 US28 4XT1 US28 4XT1
H8 331 8.48x48 US28 4XT1 - -
H8 332 8.49x49 US28 4XT1 A1 receptor 6D9H
H8 333 8.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
H8 334 8.51x51 US28 4XT1 US28 4XT1
H8 335 8.52x52 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
H8 336 8.53x53 US28 4XT1 CCR9 5LWE
H8 337 8.54x54 US28 4XT1 US28 4XT1
H8 338 8.55x55 US28 4XT1 - -
H8 339 8.56x56 US28 4XT1 A2A receptor 5G53
H8 340 8.57x57 US28 4XT1 US28 4XT1
H8 341 8.58x58 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
H8 342 8.59x59 US28 4XT1 CCR9 5LWE
H8 343 8.60x60 US28 4XT1 A1 receptor 5UEN
H8 344 8.61x61 US28 4XT1 CCR9 5LWE
H8 345 8.62x62 US28 4XT1 CCR9 5LWE
H8 346 8.63x63 CCR9 5LWE - -
H8 347 8.64x64 CCR9 5LWE - -
H8 348 8.65x65 CCR9 5LWE CCR9 5LWE
H8 349 8.66x66 CCR9 5LWE CCR9 5LWE
H8 350 8.67x67 CCR9 5LWE A2A receptor 2YDV
C-term 351 - - - -
C-term 352 - - - -
C-term 353 - - - -
C-term 354 - - - -
C-term 355 - - - -