CXCR2 homology model

PROTEIN CLASS

Class A (Rhodopsin)

RECEPTOR

SPECIES

Homo sapiens

STATE

Active (Δ distance (Å): 8.89 docs)

VERSION

2018-07-10

MAIN TEMPLATE

US28 (sequence similarity: 50%) PDB: 4XT1

TEMPLATES

Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 83.3 10.5 6.2
Side-chains 30.1 51.0 19.0

Number of backbone templates: 6
Number of rotamer templates: 40

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4XT1
4ZUD
5T1A
5LWE
5X33
3ODU
None

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

Segment Seq.num. GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
N-term 38 US28 4XT1 US28 4XT1
N-term 39 US28 4XT1 US28 4XT1
N-term 40 US28 4XT1 US28 4XT1
N-term 41 US28 4XT1 US28 4XT1
N-term 42 US28 4XT1 US28 4XT1
TM1 43 1.27x27 US28 4XT1 δ receptor 4N6H
TM1 44 1.28x28 US28 4XT1 US28 4XT1
TM1 45 1.29x29 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 4LDE
TM1 46 1.30x30 US28 4XT1 CCR2 5T1A
TM1 47 1.31x31 US28 4XT1 CXCR4 3ODU
TM1 48 1.32x32 US28 4XT1 US28 4XT1
TM1 49 1.33x33 US28 4XT1 P2Y1 receptor 4XNW
TM1 50 1.34x34 US28 4XT1 M2 receptor 4MQT
TM1 51 1.35x35 US28 4XT1 NTS1 receptor 5T04
TM1 52 1.36x36 US28 4XT1 M2 receptor 4MQT
TM1 53 1.37x37 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM1 54 1.38x38 US28 4XT1 NTS1 receptor 5T04
TM1 55 1.39x39 US28 4XT1 US28 4XT1
TM1 56 1.40x40 US28 4XT1 5-HT1B receptor 6G79
TM1 57 1.41x41 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 58 1.42x42 US28 4XT1 US28 4XT1
TM1 59 1.43x43 US28 4XT1 US28 4XT1
TM1 60 1.44x44 US28 4XT1 US28 4XT1
TM1 61 1.45x45 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM1 62 1.46x46 US28 4XT1 A1 receptor 6D9H
TM1 63 1.47x47 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM1 64 1.48x48 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM1 65 1.49x49 US28 4XT1 US28 4XT1
TM1 66 1.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM1 67 1.51x51 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM1 68 1.52x52 US28 4XT1 US28 4XT1
TM1 69 1.53x53 US28 4XT1 US28 4XT1
TM1 70 1.54x54 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM1 71 1.55x55 US28 4XT1 5-HT2B receptor 5TUD
TM1 72 1.56x56 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM1 73 1.57x57 US28 4XT1 US28 4XT1
TM1 74 1.58x58 US28 4XT1 CB1 receptor 5XRA
TM1 75 1.59x59 US28 4XT1 CCR9 5LWE
TM1 76 1.60x60 US28 4XT1 CB1 receptor 5XRA
ICL1 77 12.48x48 - - - -
ICL1 78 12.49x49 AT1 receptor 4ZUD - -
ICL1 79 12.50x50 AT1 receptor 4ZUD - -
ICL1 80 12.51x51 - - - -
TM2 81 2.37x37 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM2 82 2.38x38 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM2 83 2.39x39 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM2 84 2.40x40 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 85 2.41x41 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 86 2.42x42 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 87 2.43x43 US28 4XT1 5-HT2C receptor 6BQG
TM2 88 2.44x44 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM2 89 2.45x45 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 90 2.46x46 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 91 2.47x47 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 92 2.48x48 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM2 93 2.49x49 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 94 2.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 95 2.51x51 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 96 2.52x52 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 97 2.53x53 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 98 2.54x54 US28 4XT1 D4 receptor 5WIV
TM2 99 2.55x55 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM2 100 2.56x56 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 101 2.57x57 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 102 2.58x58 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 103 2.59x59 US28 4XT1 5-HT2B receptor 5TUD
TM2 104 2.60x60 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 105 2.61x61 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM2 106 2.62x62 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 107 2.63x63 US28 4XT1 CCR2 5T1A
TM2 108 2.64x64 US28 4XT1 - -
TM2 109 2.65x65 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM2 110 2.66x66 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
ECL1 111 23.49x49 - - - -
ECL1 112 23.50x50 CCR2 5T1A CCR2 5T1A
ECL1 113 23.51x51 CCR2 5T1A PAF receptor 5ZKP
ECL1 114 23.52x52 - - - -
TM3 115 3.21x21 CCR2 5T1A CCR2 5T1A
TM3 116 3.22x22 CCR2 5T1A apelin receptor 5VBL
TM3 117 3.23x23 CCR2 5T1A β2-adrenoceptor 3SN6
TM3 118 3.24x24 US28 4XT1 - -
TM3 119 3.25x25 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 120 3.26x26 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM3 121 3.27x27 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM3 122 3.28x28 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM3 123 3.29x29 US28 4XT1 AT1 receptor 4ZUD
TM3 124 3.30x30 US28 4XT1 - -
TM3 125 3.31x31 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM3 126 3.32x32 US28 4XT1 - -
TM3 127 3.33x33 US28 4XT1 - -
TM3 128 3.34x34 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 129 3.35x35 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM3 130 3.36x36 US28 4XT1 CB1 receptor 5XRA
TM3 131 3.37x37 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM3 132 3.38x38 US28 4XT1 A2A receptor 5G53
TM3 133 3.39x39 US28 4XT1 CCR2 5T1A
TM3 134 3.40x40 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM3 135 3.41x41 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM3 136 3.42x42 US28 4XT1 CCR9 5LWE
TM3 137 3.43x43 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM3 138 3.44x44 US28 4XT1 NTS1 receptor 5T04
TM3 139 3.45x45 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM3 140 3.46x46 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 141 3.47x47 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM3 142 3.48x48 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM3 143 3.49x49 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 144 3.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 145 3.51x51 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 146 3.52x52 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM3 147 3.53x53 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 148 3.54x54 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 149 3.55x55 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 150 3.56x56 CCR9 5LWE μ receptor 5C1M
ICL2 151 34.50x50 - - - -
ICL2 152 34.51x51 CCR9 5LWE - -
ICL2 153 34.52x52 CCR9 5LWE CCR9 5LWE
ICL2 154 34.53x53 CCR9 5LWE - -
ICL2 155 34.54x54 CCR9 5LWE μ receptor 5C1M
ICL2 156 34.55x55 CCR9 5LWE CCR9 5LWE
ICL2 157 34.56x56 - - - -
TM4 158 4.38x38 US28 4XT1 P2Y1 receptor 4XNW
TM4 159 4.39x39 US28 4XT1 5-HT2C receptor 6BQG
TM4 160 4.40x40 US28 4XT1 - -
TM4 161 4.41x41 US28 4XT1 C5a1 receptor 5O9H
TM4 162 4.42x42 US28 4XT1 D2 receptor 6CM4
TM4 163 4.43x43 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM4 164 4.44x44 US28 4XT1 PAR1 3VW7
TM4 165 4.45x45 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM4 166 4.46x46 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM4 167 4.47x47 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 168 4.48x48 US28 4XT1 - -
TM4 169 4.49x49 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM4 170 4.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM4 171 4.51x51 US28 4XT1 C5a1 receptor 5O9H
TM4 172 4.52x52 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM4 173 4.53x53 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM4 174 4.54x54 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM4 175 4.55x55 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM4 176 4.56x56 US28 4XT1 NTS1 receptor 5T04
TM4 177 4.57x57 US28 4XT1 US28 4XT1
TM4 178 4.58x59 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM4 179 4.59x60 US28 4XT1 US28 4XT1
TM4 180 4.60x61 US28 4XT1 5-HT2B receptor 5TUD
TM4 181 4.61x62 US28 4XT1 NTS1 receptor 5T04
TM4 182 4.62x63 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM4 183 4.63x64 CCR2 5T1A CCR2 5T1A
TM4 184 4.64x65 CCR2 5T1A AT2 receptor 5UNG
ECL2 185 - - - -
ECL2 186 BLT1 receptor 5X33 - -
ECL2 187 BLT1 receptor 5X33 BLT1 receptor 5X33
ECL2 188 BLT1 receptor 5X33 - -
ECL2 189 BLT1 receptor 5X33 - -
ECL2 190 BLT1 receptor 5X33 - -
ECL2 191 BLT1 receptor 5X33 BLT1 receptor 5X33
ECL2 192 BLT1 receptor 5X33 - -
ECL2 193 BLT1 receptor 5X33 - -
ECL2 194 BLT1 receptor 5X33 - -
ECL2 195 - - - -
ECL2 196 45.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
ECL2 197 45.51x51 US28 4XT1 M2 receptor 4MQT
ECL2 198 45.52x52 US28 4XT1 OX2 receptor 5WS3
ECL2 199 US28 4XT1 US28 4XT1
ECL2 200 US28 4XT1 - -
ECL2 201 US28 4XT1 - -
ECL2 202 US28 4XT1 - -
ECL2 203 US28 4XT1 - -
ECL2 204 US28 4XT1 - -
ECL2 205 US28 4XT1 - -
TM5 206 5.33x34 US28 4XT1 - -
TM5 207 5.34x35 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM5 208 5.35x36 US28 4XT1 Y1 receptor 5ZBH
TM5 209 5.36x37 US28 4XT1 A2A receptor 5G53
TM5 210 5.37x38 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM5 211 5.38x39 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 212 5.39x40 US28 4XT1 FFA1 receptor 5TZY
TM5 213 5.40x41 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM5 214 5.41x42 US28 4XT1 Y1 receptor 5ZBH
TM5 215 5.42x43 US28 4XT1 - -
TM5 216 5.43x44 US28 4XT1 P2Y12 receptor 4NTJ
TM5 217 5.44x45 US28 4XT1 ETB receptor 5X93
TM5 218 5.45x46 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM5 219 5.46x461 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM5 220 5.47x47 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 221 5.48x48 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM5 222 5.49x49 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 223 5.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 224 5.51x51 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 225 5.52x52 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM5 226 5.53x53 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM5 227 5.54x54 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 228 5.55x55 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM5 229 5.56x56 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 230 5.57x57 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 231 5.58x58 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 232 5.59x59 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM5 233 5.60x60 US28 4XT1 apelin receptor 5VBL
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TM5 235 5.62x62 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM5 236 5.63x63 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 237 5.64x64 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM5 238 5.65x65 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM5 239 5.66x66 US28 4XT1 - -
TM5 240 5.67x67 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM5 241 5.68x68 US28 4XT1 C5a1 receptor 5O9H
ICL3 242 - - - -
ICL3 243 - - - -
ICL3 244 - - - -
ICL3 245 - - - -
TM6 246 6.30x30 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 247 6.31x31 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 4LDE
TM6 248 6.32x32 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 249 6.33x33 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 250 6.34x34 US28 4XT1 - -
TM6 251 6.35x35 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 252 6.36x36 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 253 6.37x37 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM6 254 6.38x38 US28 4XT1 CCR2 5T1A
TM6 255 6.39x39 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 256 6.40x40 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 257 6.41x41 US28 4XT1 US28 4XT1
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TM6 259 6.43x43 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM6 260 6.44x44 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 261 6.45x45 US28 4XT1 5-HT2C receptor 6BQG
TM6 262 6.46x46 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 263 6.47x47 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM6 264 6.48x48 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 265 6.49x49 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 266 6.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 267 6.51x51 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 268 6.52x52 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM6 269 6.53x53 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 270 6.54x54 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 271 6.55x55 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 272 6.56x56 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM6 273 6.57x57 US28 4XT1 NOP receptor 5DHG
TM6 274 6.58x58 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 275 6.59x59 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 276 6.60x60 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 277 6.61x61 US28 4XT1 - -
TM6 278 6.62x62 US28 4XT1 P2Y1 receptor 4XNW
TM6 279 6.63x63 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM6 280 6.64x64 US28 4XT1 - -
ECL3 281 - - - -
ECL3 282 CXCR4 3ODU CXCR4 3ODU
ECL3 283 CXCR4 3ODU - -
ECL3 284 - - - -
TM7 285 7.24x23 CCR9 5LWE NTS1 receptor 5T04
TM7 286 7.25x24 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 287 7.26x25 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 288 7.27x26 US28 4XT1 - -
TM7 289 7.28x27 US28 4XT1 OX2 receptor 5WS3
TM7 290 7.29x28 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM7 291 7.30x29 US28 4XT1 - -
TM7 292 7.31x30 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM7 293 7.32x31 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM7 294 7.33x32 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 295 7.34x33 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 296 7.35x34 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 297 7.36x35 US28 4XT1 5-HT1B receptor 4IAQ
TM7 298 7.37x36 US28 4XT1 D4 receptor 5WIV
TM7 299 7.38x37 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 300 7.39x38 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 301 7.40x39 US28 4XT1 FFA1 receptor 5TZY
TM7 302 7.41x40 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 303 7.42x41 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM7 304 7.43x42 US28 4XT1 - -
TM7 305 7.44x43 US28 4XT1 CB1 receptor 5XRA
TM7 306 7.45x45 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 307 7.46x46 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM7 308 7.47x47 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 309 7.48x48 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 310 7.49x49 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 311 7.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 312 7.51x51 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 313 7.52x52 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM7 314 7.53x53 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 315 7.54x54 US28 4XT1 μ receptor 6DDF
TM7 316 7.55x55 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 317 7.56x56 US28 4XT1 - -
H8 318 8.47x47 US28 4XT1 US28 4XT1
H8 319 8.48x48 US28 4XT1 A1 receptor 6D9H
H8 320 8.49x49 US28 4XT1 A1 receptor 6D9H
H8 321 8.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
H8 322 8.51x51 US28 4XT1 US28 4XT1
H8 323 8.52x52 US28 4XT1 CB1 receptor 5XRA
H8 324 8.53x53 US28 4XT1 - -
H8 325 8.54x54 US28 4XT1 US28 4XT1
H8 326 8.55x55 US28 4XT1 Rhodopsin 4ZWJ
H8 327 8.56x56 US28 4XT1 A2A receptor 5G53
H8 328 8.57x57 US28 4XT1 A2A receptor 5G53
H8 329 8.58x58 US28 4XT1 US28 4XT1
H8 330 8.59x59 US28 4XT1 US28 4XT1
H8 331 8.60x60 US28 4XT1 - -
H8 332 8.61x61 US28 4XT1 A2A receptor 4UHR
H8 333 8.62x62 US28 4XT1 CCR9 5LWE
H8 334 8.63x63 CCR9 5LWE A2A receptor 4UHR
H8 335 8.64x64 CCR9 5LWE CCR9 5LWE
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H8 338 8.67x67 CCR9 5LWE - -
C-term 339 - - - -
C-term 340 - - - -
C-term 341 - - - -
C-term 342 - - - -
C-term 343 - - - -