lpar1_human

NAME

4Z36

ORGANISM

Human (Homo sapiens)

PROTEIN NAME

lpar1_human

SOURCE

SWISSPROT

SEQUENCE

Perspective: Wild-type Construct

 
                  
N-term        
M
A
A
I
S
T
S
I
P
V
10
                   
                   
I
S
Q
P
Q
F
T
A
M
N
20
                   
                   
E
P
Q
C
F
Y
N
E
S
I
30
                   
                   
A
F
F
Y
N
R
S
G
K
H
40
                   
            TM1  
L
A
T
E
W
N
T
V
S
K
50
                   
                   
L
V
M
G
L
G
I
T
V
C
60
                   
                   
I
F
I
M
L
A
N
L
L
V
70
                   
                   
M
V
A
I
Y
V
N
R
R
F
80
                   
ICL1 TM2      
H
F
P
I
Y
Y
L
M
A
N
90
                   
                   
L
A
A
A
D
F
F
A
G
L
100
                   
                   
A
Y
F
Y
L
M
F
N
T
G
110
                   
ECL1     TM3  
P
N
T
R
R
L
T
V
S
T
120
                   
                   
W
L
L
R
Q
G
L
I
D
T
130
                   
                   
S
L
T
A
S
V
A
N
L
L
140
                   
                   
A
I
A
I
E
R
H
I
T
V
150
                   
    ICL2        
F
R
M
Q
L
H
T
R
M
S
160
                   
TM4              
N
R
R
V
V
V
V
I
V
V
170
                   
                   
I
W
T
M
A
I
V
M
G
A
180
                   
          ECL2  
I
P
S
V
G
W
N
C
I
C
190
                   
                   
D
I
E
N
C
S
N
M
A
P
200
     
 
            
    TM5          
L
Y
S
D
S
Y
L
V
F
W
210
                   
                   
A
I
F
N
L
V
T
F
V
V
220
                   
                   
M
V
V
L
Y
A
H
I
F
G
230
   
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
Y
V
R
Q
R
T
M
R
M
S
240
 
 
 
 
 
 
 
 
    
ICL3 TM6      
R
H
S
S
G
P
R
R
N
R
250
                   
                   
D
T
M
M
S
L
L
K
T
V
260
                   
                   
V
I
V
L
G
A
F
I
I
C
270
                   
                   
W
T
P
G
L
V
L
L
L
L
280
 
 
                
        ECL3 TM7
D
V
C
C
P
Q
C
D
V
L
290
                   
                 
A
Y
E
K
F
F
L
L
L
A
300
                   
                   
E
F
N
S
A
M
N
P
I
I
310
                   
        H8        
Y
S
Y
R
D
K
E
M
S
A
320
           
 
 
 
 
                   
T
F
R
Q
I
L
C
C
Q
R
330
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
C-term        
S
E
N
P
T
G
P
T
E
G
340
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
S
D
R
S
A
S
S
L
N
H
350
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
T
I
L
A
G
V
H
S
N
D
360
 
 
 
 
       
H
S
V
V
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
hemagglutin
 
                  
  N-term      
 
A
A
I
S
T
S
I
P
V
10
                   
                   
I
S
Q
P
Q
F
T
A
M
N
20
                   
                   
E
P
Q
C
F
Y
N
E
S
I
30
                   
                   
A
F
F
Y
N
R
S
G
K
H
40
                   
            TM1  
L
A
T
E
W
N
T
V
S
K
50
                   
                   
L
V
M
G
L
G
I
T
V
C
60
                   
                   
I
F
I
M
L
A
N
L
L
V
70
                   
                   
M
V
A
I
Y
V
N
R
R
F
80
                   
ICL1 TM2      
H
F
P
I
Y
Y
L
M
A
N
90
                   
                   
L
A
A
A
D
F
F
A
G
L
100
                   
                   
A
Y
F
Y
L
M
F
N
T
G
110
                   
ECL1     TM3  
P
N
T
R
R
L
T
V
S
T
120
                   
                   
W
L
L
R
Q
G
L
I
D
T
130
                   
                   
S
L
T
A
S
V
A
N
L
L
140
                   
                   
A
I
A
I
E
R
H
I
T
V
150
                   
    ICL2        
F
R
M
Q
L
H
T
R
M
S
160
                   
TM4              
N
R
R
V
V
V
V
I
V
V
170
                   
                   
I
W
T
M
A
I
V
M
G
A
180
                   
          ECL2  
I
P
S
V
G
W
N
C
I
C
190
                   
                   
D
I
E
N
C
S
N
M
A
P
200
     
 
            
    TM5          
L
Y
S
C
S
Y
L
V
F
W
210
                   
                   
A
I
F
N
L
V
T
F
V
V
220
                   
                   
M
V
V
L
Y
A
H
I
F
G
230
   
 
     
Y
V
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
BRIL (b562R
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
               
TM6          
N
R
D
T
M
M
S
L
256
                   
                   
L
K
T
V
V
I
V
L
G
A
266
                   
                   
F
I
I
C
W
T
P
G
L
V
276
         
 
        
                   
L
L
L
L
D
C
C
C
P
Q
286
                   
ECL3 TM7      
C
D
V
L
A
Y
E
K
F
F
296
                   
                   
L
L
L
A
E
F
N
S
A
M
306
                   
                H8
N
P
I
I
Y
S
Y
R
D
K
316
                   
 
                     
E
M
S
A
T
F
R
Q
I
L
 
326
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
PreScission
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(10)      
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
FLAG            

SCHEMATIC

Perspective: Wild-type Construct

 
 
N-term
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
 
 
 
 
 
 
TM5
 
 
 
 
ICL3
 
 
 
 
 
TM6
 
ECL3
 
TM7
 
 
H8
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
C-term

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
hemagg
 
 
 N-term
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
 
 
TM5 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
BRIL (
 
 
 
 
TM6
 
ECL3
 
TM7
 
 
H8 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
PreSci
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(10
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
FLAG


DIAGRAMS

ICL1 R R F H ICL1ECL1 T G P N T R R L ECL1ICL2 M Q L H T R M ICL2ECL2 W N C I C D I E N C S N M A P L Y ECL2ICL3 R H S S ICL3ECL3 P Q C ECL3N-term M A A I S T S I P V I S Q P Q F T A M N E P Q C F Y N E S I A F F Y N R S G K H L A T E W N N-termC-term C Q R S E N P T G P T E G S D R S A S S L N H T I L A G V H S N D H S V V C-term T V S K L V M G L G I T V C I F I M L A N L L V M V A I Y V N F P I Y Y L M A N L A A A D F F A G L A Y F Y L M F N T V S T W L L R Q G L I D T S L T A S V A N L L A I A I E R H I T V F R S N R R V V V V I V V I W T M A I V M G A I P S V G S D S Y L V F W A I F N L V T F V V M V V L Y A H I F G Y V R Q R T M R M S G P R R N R D T M M S L L K T V V I V L G A F I I C W T P G L V L L L L D V C C D V L A Y E K F F L L L A E F N S A M N P I I Y S Y R D K E F R Q M S A T I L C

MUTATIONS

Position Wild-type Mutated
204 |  D C
282 |  V C

DELETIONS

  • from 1 to 1
  • from 233 to 248
  • from 327 to 364

    • MODIFICATIONS


    AUXILIARY PROTEINS

    Protein_type: signal

    Name: hemagglutinin
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_0 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: fusion

    Name: BRIL (b562RIL)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: Within Receptor_1 233:247
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: prot_cleavage

    Name: PreScission site
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_2 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: His(10)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_3 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: FLAG
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_4 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    EXPRESSION

    Expression method Host cell type Host cell Remarks
    Baculovirus Sf9 Insect

    SOLUBILIZATION

    Solvent type Item Concentration
    detergent DDM 1 %w/v
    additive CHS 0.1 %w/v

    Remarks:

    PURIFICATION

    Purification type Description
    Alkylation by Iodoacetamide None

    Remarks:None

    CRYSTALLIZATION

    METHOD: in meso/LCP
    TYPE: lipidic cubic phase (LCP) (monoolein (9.9 MAG))
    PROTEIN CONCENTRATION: 1-50 mg/ml
    Temperature: 20°C
    ph : 5.5-5.5

    Remarks: Optimalcrystal size of (~200 μm x 20 μm x 5 μm) was achieved over a period of 30 daysThe protein-LCP mixture contained 40% (w/w) protein solution, 54% (w/w) monoolein(Sigma) and 6% (w/w) cholesterol

    Chemical lists

    Type Item Concentration
    Additional
    unknown Sodium citrate, pH 5.5 0.1 M
    unknown PEG400 34-38 %v/v
    unknown Ammonium acetate 200 mM
    Detergent
    detergent DDM 0.05 % w/v
    Lipid
    lipid CHS 0.01 %w/v