6ME2_refined

PROTEIN CLASS

Class A (Rhodopsin)

RECEPTOR

SPECIES

Homo sapiens

STATE

Inactive (Δ distance (Å): -0.56 docs)

VERSION

2019-09-03

MODEL

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

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MAIN TEMPLATE

MT1 receptor (sequence similarity: 100%) PDB: 6ME2

TEMPLATES

6ME2 (MT1 receptor)
6ME6 (MT2 receptor)
6H7N (β1-adrenoceptor)
4AMJ (β1-adrenoceptor)
None
Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 89.8 6.6 3.6
Side-chains 82.8 10.6 6.6

Number of backbone templates: 4
Number of rotamer templates: 23

Segment Seq.num. GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
N-term 18 - - - -
N-term 19 - - - -
N-term 20 - - - -
N-term 21 - - - -
N-term 22 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
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TM2 89 2.66x65 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
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TM2 91 2.68x67 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
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TM3 101 3.26x26 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
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TM3 109 3.34x34 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM3 110 3.35x35 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM3 111 3.36x36 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM3 112 3.37x37 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM3 113 3.38x38 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
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ICL2 132 34.50x50 - - - -
ICL2 133 34.51x51 MT2 receptor 6ME6 OX1 receptor 4ZJ8
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ICL2 135 34.53x53 MT2 receptor 6ME6 MT2 receptor 6ME6
ICL2 136 34.54x54 MT2 receptor 6ME6 - -
ICL2 137 34.55x55 MT2 receptor 6ME6 CCR5 6MEO
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ICL2 139 34.57x57 - - - -
TM4 140 4.38x38 MT2 receptor 6ME6 D2 receptor 6CM4
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TM4 145 4.43x43 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM4 146 4.44x44 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM4 147 4.45x45 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM4 148 4.46x46 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
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ECL2 168 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL2 169 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL2 170 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL2 171 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL2 172 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL2 173 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL2 174 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL2 175 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL2 176 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
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ECL2 178 45.51x51 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL2 179 45.52x52 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL2 180 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL2 181 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL2 182 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL2 183 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
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TM5 202 5.53x53 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM5 203 5.54x54 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM5 204 5.55x55 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
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TM5 206 5.57x57 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM5 207 5.58x58 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM5 208 5.59x59 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM5 209 5.60x60 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
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TM5 211 5.62x62 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
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TM5 215 5.66x66 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM5 216 5.67x67 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM5 217 5.68x68 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
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TM5 219 5.70x70 β1-adrenoceptor 6H7N β2-adrenoceptor 4GBR
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TM5 221 5.72x72 β1-adrenoceptor 6H7N - -
ICL3 222 - - - -
ICL3 223 - - - -
ICL3 224 - - - -
ICL3 225 - - - -
ICL3 226 - - - -
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TM6 231 6.28x28 β1-adrenoceptor 4AMJ - -
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TM6 233 6.30x30 β1-adrenoceptor 4AMJ CB1 receptor 5TGZ
TM6 234 6.31x31 β1-adrenoceptor 4AMJ - -
TM6 235 6.32x32 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM6 236 6.33x33 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM6 237 6.34x34 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM6 238 6.35x35 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM6 239 6.36x36 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM6 240 6.37x37 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM6 241 6.38x38 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM6 242 6.39x39 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM6 243 6.40x40 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM6 244 6.41x41 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM6 245 6.42x42 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM6 246 6.43x43 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM6 247 6.44x44 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM6 248 6.45x45 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM6 249 6.46x46 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM6 250 6.47x47 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM6 251 6.48x48 MT1 receptor 6ME2 β1-adrenoceptor 4AMJ
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TM6 254 6.51x51 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM6 255 6.52x52 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM6 256 6.53x53 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
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TM6 260 6.57x57 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM6 261 6.58x58 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM6 262 6.59x59 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
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ECL3 265 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL3 266 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL3 267 MT1 receptor 6ME2 - -
ECL3 268 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL3 269 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL3 270 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
ECL3 271 MT1 receptor 6ME2 - -
ECL3 272 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
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TM7 274 7.32x31 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
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TM7 277 7.35x34 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM7 278 7.36x35 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
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TM7 281 7.39x38 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM7 282 7.40x39 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM7 283 7.41x40 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
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TM7 285 7.43x42 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM7 286 7.44x43 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM7 287 7.45x45 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM7 288 7.46x46 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM7 289 7.47x47 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM7 290 7.48x48 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM7 291 7.49x49 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM7 292 7.50x50 MT1 receptor 6ME2 - -
TM7 293 7.51x51 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM7 294 7.52x52 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM7 295 7.53x53 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM7 296 7.54x54 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM7 297 7.55x55 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
TM7 298 7.56x56 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
H8 299 8.47x47 MT1 receptor 6ME2 D2 receptor 6CM4
H8 300 8.48x48 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
H8 301 8.49x49 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
H8 302 8.50x50 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
H8 303 8.51x51 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
H8 304 8.52x52 MT1 receptor 6ME2 β1-adrenoceptor 4AMJ
H8 305 8.53x53 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
H8 306 8.54x54 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
H8 307 8.55x55 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME4
H8 308 8.56x56 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
H8 309 8.57x57 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
H8 310 8.58x58 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME3
H8 311 8.59x59 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
H8 312 8.60x60 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
H8 313 8.61x61 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME3
H8 314 8.62x62 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
H8 315 8.63x63 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
C-term 316 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
C-term 317 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
C-term 318 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
C-term 319 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2
C-term 320 MT1 receptor 6ME2 MT1 receptor 6ME2