CXCR5 homology model

PROTEIN CLASS

Class A (Rhodopsin)

RECEPTOR

CXCR5

SPECIES

Homo sapiens

STATE

Intermediate

VERSION

2022-06-20

MODEL

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

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MAIN TEMPLATE

GPR183 (sequence similarity: 42%) PDB: 7TUY
Align

TEMPLATES

7TUY (GPR183)
7VL8 (CCR1)
7VL9 (CCR1)
6QZH (CCR7)
3ODU (CXCR4)
4S0V (OX2 receptor)
6LFO (CXCR2)
6LFL (CXCR2)
None
Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 70.4 17.6 12.0
Side-chains 23.3 57.5 19.3

Number of backbone templates: 8
Number of rotamer templates: 40

Segment Seq.num. AA GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
N-term 43 G - - - - -
N-term 44 P - - - - -
N-term 45 L - - - - -
N-term 46 M - GPR183 7TUY GPR183 7TUY
N-term 47 A - GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM1 48 S 1.29x29 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM1 49 F 1.30x30 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM1 50 K 1.31x31 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM1 51 A 1.32x32 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM1 52 V 1.33x33 GPR183 7TUY AT1 receptor 4ZUD
TM1 53 F 1.34x34 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM1 54 V 1.35x35 GPR183 7TUY CXCR2 6LFL
TM1 55 P 1.36x36 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM1 56 V 1.37x37 GPR183 7TUY GAL1 receptor 7WQ3
TM1 57 A 1.38x38 GPR183 7TUY CCR6 6WWZ
TM1 58 Y 1.39x39 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM1 59 S 1.40x40 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM1 60 L 1.41x41 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM1 61 I 1.42x42 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM1 62 F 1.43x43 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM1 63 L 1.44x44 GPR183 7TUY CXCR4 3ODU
TM1 64 L 1.45x45 GPR183 7TUY CXCR2 6LFL
TM1 65 G 1.46x46 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM1 66 V 1.47x47 GPR183 7TUY GAL1 receptor 7WQ3
TM1 67 I 1.48x48 GPR183 7TUY US28 4XT1
TM1 68 G 1.49x49 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM1 69 N 1.50x50 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM1 70 V 1.51x51 GPR183 7TUY δ receptor 4N6H
TM1 71 L 1.52x52 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM1 72 V 1.53x53 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM1 73 L 1.54x54 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM1 74 V 1.55x55 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM1 75 I 1.56x56 GPR183 7TUY CCR5 4MBS
TM1 76 L 1.57x57 GPR183 7TUY CCR1 7VLA
TM1 77 E 1.58x58 GPR183 7TUY - -
TM1 78 R 1.59x59 GPR183 7TUY δ receptor 4N6H
TM1 79 H 1.60x60 GPR183 7TUY NOP receptor 5DHG
ICL1 80 R 12.48x48 - - - -
ICL1 81 Q 12.49x49 CCR1 7VL8 GAL2 receptor 7WQ4
ICL1 82 T 12.50x50 CCR1 7VL8 - -
ICL1 83 R 12.51x51 - - - -
TM2 84 S 2.37x37 CCR7 6QZH CXCR4 3ODU
TM2 85 S 2.38x38 CCR7 6QZH GPR183 7TUZ
TM2 86 T 2.39x39 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM2 87 E 2.40x40 GPR183 7TUY B2 receptor 7F2O
TM2 88 T 2.41x41 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM2 89 F 2.42x42 GPR183 7TUY CCR9 5LWE
TM2 90 L 2.43x43 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM2 91 F 2.44x44 GPR183 7TUY δ receptor 4N6H
TM2 92 H 2.45x45 GPR183 7TUY CXCR4 3ODU
TM2 93 L 2.46x46 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM2 94 A 2.47x47 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM2 95 V 2.48x48 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM2 96 A 2.49x49 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM2 97 D 2.50x50 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM2 98 L 2.51x51 GPR183 7TUY CXCR4 3ODU
TM2 99 L 2.52x52 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM2 100 L 2.53x53 GPR183 7TUY B2 receptor 7F2O
TM2 101 V 2.54x54 GPR183 7TUY CXCR4 3ODU
TM2 102 F 2.55x55 GPR183 7TUY CCR1 7VL9
TM2 103 I 2.56x56 GPR183 7TUY α2B-adrenoceptor 6K42
TM2 104 L 2.57x57 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM2 105 P 2.58x58 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM2 106 F 2.59x59 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM2 107 A 2.60x60 GPR183 7TUY 5-HT2B receptor 5TUD
TM2 108 V 2.61x61 GPR183 7TUY D4 receptor 5WIV
TM2 109 A 2.62x62 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM2 110 E 2.63x63 CCR7 6QZH - -
TM2 111 G 2.64x64 CCR7 6QZH - -
TM2 112 S 2.65x65 CCR7 6QZH B2 receptor 7F2O
TM2 113 V 2.66x66 CCR7 6QZH DP2 receptor 7M8W
ECL1 114 G 23.49x49 - - - -
ECL1 115 W 23.50x50 CCR7 6QZH CCR7 6QZH
ECL1 116 V 23.51x51 CCR7 6QZH CCR7 6QZH
ECL1 117 L 23.52x52 - - - -
TM3 118 G 3.21x21 CCR7 6QZH CCR7 6QZH
TM3 119 T 3.22x22 GPR183 7TUY CXCR2 6LFL
TM3 120 F 3.23x23 GPR183 7TUY CXCR4 3ODU
TM3 121 L 3.24x24 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM3 122 C 3.25x25 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM3 123 K 3.26x26 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM3 124 T 3.27x27 GPR183 7TUY NOP receptor 5DHG
TM3 125 V 3.28x28 GPR183 7TUY CXCR4 3ODU
TM3 126 I 3.29x29 GPR183 7TUY μ receptor 4DKL
TM3 127 A 3.30x30 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM3 128 L 3.31x31 GPR183 7TUY CXCR2 6LFL
TM3 129 H 3.32x32 GPR183 7TUY - -
TM3 130 K 3.33x33 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM3 131 V 3.34x34 GPR183 7TUY CXCR4 3ODU
TM3 132 N 3.35x35 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM3 133 F 3.36x36 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM3 134 Y 3.37x37 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM3 135 C 3.38x38 GPR183 7TUY CCR6 6WWZ
TM3 136 S 3.39x39 GPR183 7TUY CXCR4 3ODU
TM3 137 S 3.40x40 GPR183 7TUY GAL2 receptor 7WQ4
TM3 138 L 3.41x41 GPR183 7TUY CXCR2 6LFO
TM3 139 L 3.42x42 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM3 140 L 3.43x43 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM3 141 A 3.44x44 GPR183 7TUY CXCR4 3ODU
TM3 142 C 3.45x45 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM3 143 I 3.46x46 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM3 144 A 3.47x47 GPR183 7TUY US28 4XT1
TM3 145 V 3.48x48 GPR183 7TUY CXCR2 6LFL
TM3 146 D 3.49x49 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM3 147 R 3.50x50 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM3 148 Y 3.51x51 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM3 149 L 3.52x52 GPR183 7TUY CXCR4 3ODU
TM3 150 A 3.53x53 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM3 151 I 3.54x54 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM3 152 V 3.55x55 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM3 153 H 3.56x56 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
ICL2 154 A 34.50x50 - - - -
ICL2 155 V 34.51x51 CCR1 7VL9 CCR1 7VL9
ICL2 156 H 34.52x52 CCR1 7VL9 GAL2 receptor 7WQ4
ICL2 157 A 34.53x53 CCR1 7VL9 CCR1 7VL9
ICL2 158 Y 34.54x54 CCR1 7VL9 - -
ICL2 159 R 34.55x55 CCR1 7VL9 CCR1 7VL9
ICL2 160 H 34.56x56 CCR1 7VL9 FPR1 7WVU
ICL2 161 R 34.57x57 - - - -
TM4 162 R 4.38x38 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM4 163 L 4.39x39 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM4 164 L 4.40x40 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM4 165 S 4.41x41 GPR183 7TUY apelin receptor 5VBL
TM4 166 I 4.42x42 GPR183 7TUY α2A-adrenoceptor 6KUX
TM4 167 H 4.43x43 GPR183 7TUY DP2 receptor 7M8W
TM4 168 I 4.44x44 GPR183 7TUY CCR1 7VL9
TM4 169 T 4.45x45 GPR183 7TUY CCR1 7VL9
TM4 170 C 4.46x46 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM4 171 G 4.47x47 GPR183 7TUY GAL2 receptor 7WQ4
TM4 172 T 4.48x48 GPR183 7TUY CCR9 5LWE
TM4 173 I 4.49x49 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM4 174 W 4.50x50 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM4 175 L 4.51x51 GPR183 7TUY CCR2 5T1A
TM4 176 V 4.52x52 GPR183 7TUY CCR5 4MBS
TM4 177 G 4.53x53 GPR183 7TUY B1 receptor 7EIB
TM4 178 F 4.54x54 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM4 179 L 4.55x55 GPR183 7TUY CXCR4 3ODU
TM4 180 L 4.56x56 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM4 181 A 4.57x57 GPR183 7TUY CXCR2 6LFL
TM4 182 L 4.58x59 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM4 183 P 4.59x60 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM4 184 E 4.60x61 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM4 185 I 4.61x62 CXCR4 3ODU CCR9 5LWE
TM4 186 L 4.62x63 CXCR4 3ODU CCR7 6QZH
TM4 187 F 4.63x64 CXCR4 3ODU CXCR4 3ODU
TM4 188 A 4.64x65 CXCR4 3ODU CXCR4 3ODU
ECL2 189 K - - - - -
ECL2 190 V - OX2 receptor 4S0V - -
ECL2 191 S - OX2 receptor 4S0V OX2 receptor 4S0V
ECL2 192 Q - OX2 receptor 4S0V - -
ECL2 193 G - OX2 receptor 4S0V - -
ECL2 194 H - OX2 receptor 4S0V - -
ECL2 195 H - - - - -
ECL2 196 N - - - - -
ECL2 197 N - - - - -
ECL2 198 S - - - - -
ECL2 199 L - - - - -
ECL2 200 P - OX2 receptor 4S0V - -
ECL2 201 R - - - - -
ECL2 202 C 45.50x50 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
ECL2 203 T 45.51x51 GPR183 7TUY μ receptor 4DKL
ECL2 204 F 45.52x52 GPR183 7TUY β1-adrenoceptor 7BU7
ECL2 205 S - GPR183 7TUY - -
ECL2 206 Q - GPR183 7TUY - -
ECL2 207 E - GPR183 7TUY - -
ECL2 208 N - - - - -
ECL2 209 Q - - - - -
ECL2 210 A - - - - -
ECL2 211 E - - - - -
ECL2 212 T - - - - -
TM5 213 H 5.33x34 CXCR4 3ODU - -
TM5 214 A 5.34x35 CXCR4 3ODU OX2 receptor 6TPN
TM5 215 W 5.35x36 CXCR4 3ODU - -
TM5 216 F 5.36x37 CXCR4 3ODU B1 receptor 7EIB
TM5 217 T 5.37x38 CXCR4 3ODU CCR7 6QZH
TM5 218 S 5.38x39 GPR183 7TUY 5-HT1F receptor 7EXD
TM5 219 R 5.39x40 GPR183 7TUY CXCR2 6LFO
TM5 220 F 5.40x41 GPR183 7TUY CXCR4 3ODU
TM5 221 L 5.41x42 GPR183 7TUY CXCR2 6LFL
TM5 222 Y 5.42x43 GPR183 7TUY Rhodopsin 6I9K
TM5 223 H 5.43x44 GPR183 7TUY - -
TM5 224 V 5.44x45 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM5 225 A 5.45x46 GPR183 7TUY 5-HT2B receptor 5TUD
TM5 226 G 5.46x461 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM5 227 F 5.47x47 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM5 228 L 5.48x48 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM5 229 L 5.49x49 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM5 230 P 5.50x50 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM5 231 M 5.51x51 GPR183 7TUY FPR1 7T6T
TM5 232 L 5.52x52 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM5 233 V 5.53x53 GPR183 7TUY CXCR4 3ODU
TM5 234 M 5.54x54 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM5 235 G 5.55x55 GPR183 7TUY GAL2 receptor 7WQ4
TM5 236 W 5.56x56 GPR183 7TUY H1 receptor 3RZE
TM5 237 C 5.57x57 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM5 238 Y 5.58x58 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM5 239 V 5.59x59 GPR183 7TUY α2A-adrenoceptor 6KUX
TM5 240 G 5.60x60 GPR183 7TUY CCR1 7VL9
TM5 241 V 5.61x61 GPR183 7TUY GAL1 receptor 7WQ3
TM5 242 V 5.62x62 GPR183 7TUY CCR6 6WWZ
TM5 243 H 5.63x63 GPR183 7TUY 5-HT2B receptor 5TUD
TM5 244 R 5.64x64 GPR183 7TUY δ receptor 4N6H
TM5 245 L 5.65x65 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM5 246 R 5.66x66 GPR183 7TUY B2 receptor 7F2O
TM5 247 Q 5.67x67 GPR183 7TUY D3 receptor 7CMV
TM5 248 A 5.68x68 CXCR2 6LFO CXCR2 6LFO
ICL3 249 Q - - - - -
ICL3 250 R - - - - -
ICL3 251 R - - - - -
TM6 252 P 6.28x28 GPR183 7TUY MT1 receptor 7VGZ
TM6 253 Q 6.29x29 GPR183 7TUY CXCR4 3ODU
TM6 254 R 6.30x30 GPR183 7TUY CCR5 4MBS
TM6 255 Q 6.31x31 GPR183 7TUY 5-HT2A receptor 6A94
TM6 256 K 6.32x32 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM6 257 A 6.33x33 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM6 258 V 6.34x34 GPR183 7TUY CCR1 7VL9
TM6 259 R 6.35x35 GPR183 7TUY CXCR2 6LFL
TM6 260 V 6.36x36 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM6 261 A 6.37x37 GPR183 7TUY AT2 receptor 5UNG
TM6 262 I 6.38x38 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM6 263 L 6.39x39 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM6 264 V 6.40x40 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM6 265 T 6.41x41 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM6 266 S 6.42x42 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM6 267 I 6.43x43 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM6 268 F 6.44x44 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM6 269 F 6.45x45 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM6 270 L 6.46x46 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM6 271 C 6.47x47 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM6 272 W 6.48x48 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM6 273 S 6.49x49 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM6 274 P 6.50x50 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM6 275 Y 6.51x51 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM6 276 H 6.52x52 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM6 277 I 6.53x53 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM6 278 V 6.54x54 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM6 279 I 6.55x55 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM6 280 F 6.56x56 GPR183 7TUY AT1 receptor 4ZUD
TM6 281 L 6.57x57 GPR183 7TUY CCR5 4MBS
TM6 282 D 6.58x58 GPR183 7TUY CXCR4 3ODU
TM6 283 T 6.59x59 GPR183 7TUY CXCR2 6LFL
TM6 284 L 6.60x60 GPR183 7TUY CXCR2 6LFL
TM6 285 A 6.61x61 GPR183 7TUY AT2 receptor 5UNG
TM6 286 R 6.62x62 - - - -
TM6 287 L 6.63x63 - - - -
TM6 288 K 6.64x64 - - - -
ECL3 289 A - - - - -
ECL3 290 V - - - - -
ECL3 291 D - - - - -
ECL3 292 N - - - - -
TM7 293 T 7.24x23 CXCR4 3ODU CXCR2 6LFO
TM7 294 C 7.25x24 CXCR4 3ODU CXCR4 3ODU
TM7 295 K 7.26x25 CXCR4 3ODU - -
TM7 296 L 7.27x26 CXCR4 3ODU CCR7 6QZH
TM7 297 N 7.28x27 CXCR4 3ODU - -
TM7 298 G 7.29x28 CXCR4 3ODU - -
TM7 299 S 7.30x29 CXCR4 3ODU GPR183 7TUZ
TM7 300 L 7.31x30 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM7 301 P 7.32x31 GPR183 7TUY D4 receptor 5WIV
TM7 302 V 7.33x32 GPR183 7TUY B2 receptor 7F2O
TM7 303 A 7.34x33 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM7 304 I 7.35x34 GPR183 7TUY CXCR4 3ODU
TM7 305 T 7.36x35 GPR183 7TUY CCR6 6WWZ
TM7 306 M 7.37x36 GPR183 7TUY - -
TM7 307 C 7.38x37 GPR183 7TUY δ receptor 4N6H
TM7 308 E 7.39x38 GPR183 7TUY CXCR4 3ODU
TM7 309 F 7.40x39 GPR183 7TUY B2 receptor 7F2O
TM7 310 L 7.41x40 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM7 311 G 7.42x41 GPR183 7TUY CXCR2 6LFO
TM7 312 L 7.43x42 GPR183 7TUY GPR139 7VUG
TM7 313 A 7.44x43 GPR183 7TUY δ receptor 4N6H
TM7 314 H 7.45x45 GPR183 7TUY CXCR4 3ODU
TM7 315 C 7.46x46 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM7 316 C 7.47x47 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM7 317 L 7.48x48 GPR183 7TUY CXCR4 3ODU
TM7 318 N 7.49x49 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM7 319 P 7.50x50 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM7 320 M 7.51x51 GPR183 7TUY FPR1 7T6T
TM7 321 L 7.52x52 GPR183 7TUY CCR7 6QZH
TM7 322 Y 7.53x53 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM7 323 T 7.54x54 GPR183 7TUY 5-HT2A receptor 6A94
TM7 324 F 7.55x55 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
TM7 325 A 7.56x56 GPR183 7TUY GPR183 7TUY
H8 326 G 8.47x47 CXCR2 6LFL CXCR2 6LFL
H8 327 V 8.48x48 CXCR2 6LFL - -
H8 328 K 8.49x49 CCR7 6QZH CCR7 6QZH
H8 329 F 8.50x50 CCR7 6QZH CCR7 6QZH
H8 330 R 8.51x51 CCR7 6QZH CCR7 6QZH
H8 331 S 8.52x52 CCR7 6QZH 5-HT2A receptor 6A94
H8 332 D 8.53x53 CCR7 6QZH CCR7 6QZH
H8 333 L 8.54x54 CCR7 6QZH CXCR2 6LFL
H8 334 S 8.55x55 CCR7 6QZH CCR2 5T1A
H8 335 R 8.56x56 CCR7 6QZH 5-HT2A receptor 6A94
H8 336 L 8.57x57 CCR7 6QZH CCR1 7VL9
H8 337 L 8.58x58 CCR7 6QZH CXCR2 6LFL
H8 338 T 8.59x59 CXCR2 6LFL 5-HT2B receptor 5TUD
C-term 339 K - - - - -
C-term 340 L - - - - -
C-term 341 G - - - - -
C-term 342 C - - - - -
C-term 343 T - - - - -