GPR179 homology model

PROTEIN CLASS

Class C (Glutamate)

RECEPTOR

SPECIES

Homo sapiens

STATE

Intermediate

VERSION

2021-10-06

MODEL

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

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MAIN TEMPLATE

GABAB2 (sequence similarity: 8%) PDB: 7CA5

TEMPLATES

7C7Q (GABAB2)
7CA5 (GABAB2)
4OO9 (mGlu5 receptor)
None
Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 68.3 8.6 23.0
Side-chains 2.2 31.7 66.2

Number of backbone templates: 3
Number of rotamer templates: 11

Segment Seq.num. AA GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
TM1 377 A 1.36x36 GABAB2 7C7Q - -
TM1 378 A 1.37x37 GABAB2 7C7Q - -
TM1 379 V 1.38x38 GABAB2 7CA5 - -
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TM1 386 A 1.45x45 GABAB2 7CA5 GABAB2 7CA5
TM1 387 C 1.46x46 GABAB2 7CA5 - -
TM1 388 Q 1.47x47 GABAB2 7CA5 - -
TM1 389 A 1.48x48 GABAB2 7CA5 - -
TM1 390 C 1.49x49 GABAB2 7CA5 - -
TM1 391 C 1.50x50 GABAB2 7CA5 - -
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TM1 399 M 1.58x58 GABAB2 7CA5 - -
TM1 400 L 1.59x59 GABAB2 7CA5 mGlu1 receptor 4OR2
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ICL1 406 R - - - - -
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ICL1 409 K 12.48x48 GABAB2 7C7Q GABAB2 7C7Q
ICL1 410 R 12.49x49 GABAB2 7C7Q - -
ICL1 411 I 12.50x50 GABAB2 7C7Q GABAB2 7C7Q
ICL1 412 W 12.51x51 GABAB2 7C7Q - -
ICL1 413 A 12.52x52 GABAB2 7C7Q mGlu2 receptor 7EPE
ICL1 414 S 12.53x53 - - - -
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TM2 417 V 2.37x37 GABAB2 7C7Q - -
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ECL1 439 K - - - - -
ECL1 440 P - - - - -
ECL1 441 S - - - - -
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TM4 498 L 4.50x50 GABAB2 7CA5 mGlu5 receptor 6N51
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ECL2 506 A - - - - -
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ECL2 508 W - - - - -
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ECL2 510 V - - - - -
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ECL2 519 H - - - - -
ECL2 520 A - - - - -
ECL2 521 P - - - - -
ECL2 522 L - - - - -
ECL2 523 V - - - - -
ECL2 524 I - - - - -
ECL2 525 R - - - - -
ECL2 526 G - - - - -
ECL2 527 H - - - - -
ECL2 528 T - - - - -
ECL2 529 P - - - - -
ECL2 530 S - - - - -
ECL2 531 G - - - - -
ECL2 532 R - - - - -
ECL2 533 H - - - - -
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ICL3 569 S - - - - -
ICL3 570 A - - - - -
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ICL3 572 H - - - - -
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TM6 580 A 6.42x42 GABAB2 7CA5 GABAB1 6W2Y
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TM6 586 L 6.48x48 GABAB2 7CA5 - -
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TM6 588 S 6.50x50 GABAB2 7CA5 - -
TM6 589 A 6.51x51 GABAB2 7CA5 - -
TM6 590 A 6.52x52 GABAB2 7CA5 mGlu5 receptor 6N51
TM6 591 F 6.53x53 GABAB2 7CA5 mGlu5 receptor 6N51
TM6 592 H 6.54x54 GABAB2 7CA5 - -
TM6 593 T 6.55x55 GABAB2 7CA5 - -
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TM6 595 R 6.57x57 GABAB2 7CA5 - -
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TM6 598 L 6.60x60 GABAB2 7C7Q GABAB1 6W2Y
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ECL3 600 P - - - - -
ECL3 601 S - - - - -
ECL3 602 L - - - - -
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TM7 611 F 7.32x33 GABAB2 7CA5 - -
TM7 612 F 7.33x34 GABAB2 7CA5 - -
TM7 613 F 7.34x35 GABAB2 7CA5 mGlu5 receptor 6N51
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TM7 617 S 7.38x39 GABAB2 7CA5 - -
TM7 618 T 7.39x40 GABAB2 7CA5 - -
TM7 619 V 7.40x41 GABAB2 7CA5 mGlu1 receptor 4OR2
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TM7 624 A 7.45x46 GABAB2 7CA5 CaS receptor 7DD6
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TM7 627 F 7.48x48 GABAB2 7CA5 mGlu5 receptor 6N51
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TM7 629 P 7.50x50 GABAB2 7CA5 mGlu5 receptor 6N51
TM7 630 K 7.51x51 GABAB2 7CA5 mGlu5 receptor 6N51
TM7 631 F 7.52x52 GABAB2 7CA5 - -
TM7 632 W 7.53x53 GABAB2 7CA5 - -
TM7 633 K 7.54x54 GABAB2 7CA5 - -
TM7 634 L 7.55x55 GABAB2 7CA5 GABAB2 7C7Q
TM7 635 G 7.56x56 GABAB2 7CA5 - -
TM7 636 A 7.57x57 GABAB2 7CA5 mGlu1 receptor 4OR2
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H8 638 P 8.46x46 mGlu5 receptor 4OO9 mGlu5 receptor 4OO9
H8 639 R 8.47x47 mGlu5 receptor 4OO9 - -
H8 640 E 8.48x48 mGlu5 receptor 4OO9 - -
H8 641 E 8.49x49 mGlu5 receptor 4OO9 - -
H8 642 M 8.50x50 - - - -
H8 643 V 8.51x51 - - - -
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H8 647 C 8.55x55 - - - -
H8 648 E 8.56x56 - - - -
H8 649 D 8.57x57 - - - -
C-term 650 E - - - - -
C-term 651 L - - - - -
C-term 652 D - - - - -
C-term 653 L - - - - -
C-term 654 Q - - - - -