GPR179 homology model

PROTEIN CLASS

Class C (Glutamate)

RECEPTOR

GPR179

SPECIES

Homo sapiens

STATE

Intermediate

VERSION

2021-04-08

MODEL

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

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MAIN TEMPLATE

GABAB2 (sequence similarity: 8%) PDB: 7CA5
Align

TEMPLATES

7C7Q (GABAB2)
7CA5 (GABAB2)
4OR2 (mGlu1 receptor)
4OO9 (mGlu5 receptor)
None
Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 69.1 9.4 21.6
Side-chains 2.2 25.5 72.3

Number of backbone templates: 4
Number of rotamer templates: 8

Segment Seq.num. AA GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
TM1 377 A 1.36x36 GABAB2 7C7Q - -
TM1 378 A 1.37x37 GABAB2 7C7Q - -
TM1 379 V 1.38x38 GABAB2 7CA5 - -
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TM1 382 A 1.41x41 GABAB2 7CA5 - -
TM1 383 A 1.42x42 GABAB2 7CA5 mGlu5 receptor 6N51
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TM1 385 L 1.44x44 GABAB2 7CA5 - -
TM1 386 A 1.45x45 GABAB2 7CA5 GABAB2 7CA5
TM1 387 C 1.46x46 GABAB2 7CA5 - -
TM1 388 Q 1.47x47 GABAB2 7CA5 - -
TM1 389 A 1.48x48 GABAB2 7CA5 - -
TM1 390 C 1.49x49 GABAB2 7CA5 - -
TM1 391 C 1.50x50 GABAB2 7CA5 - -
TM1 392 M 1.51x51 GABAB2 7CA5 GABAB2 7C7Q
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TM1 398 S 1.57x57 GABAB2 7CA5 - -
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TM1 400 L 1.59x59 GABAB2 7CA5 mGlu1 receptor 4OR2
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ICL1 406 R - - - - -
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ICL1 410 R 12.49x49 GABAB2 7C7Q - -
ICL1 411 I 12.50x50 GABAB2 7C7Q GABAB2 7C7Q
ICL1 412 W 12.51x51 GABAB2 7C7Q - -
ICL1 413 A 12.52x52 GABAB2 7C7Q - -
ICL1 414 S 12.53x53 - - - -
TM2 415 G 2.35x35 GABAB2 7C7Q - -
TM2 416 V 2.36x36 GABAB2 7C7Q - -
TM2 417 V 2.37x37 GABAB2 7C7Q - -
TM2 418 L 2.38x38 GABAB2 7CA5 mGlu5 receptor 6N51
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ECL1 438 F - - - - -
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ECL1 440 P - mGlu1 receptor 4OR2 mGlu1 receptor 4OR2
ECL1 441 S - - - - -
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ECL2 505 L - - - - -
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ECL2 507 V - - - - -
ECL2 508 W - - - - -
ECL2 509 T - - - - -
ECL2 510 V - - - - -
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ECL2 517 I - - - - -
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ECL2 521 P - - - - -
ECL2 522 L - - - - -
ECL2 523 V - - - - -
ECL2 524 I - - - - -
ECL2 525 R - - - - -
ECL2 526 G - - - - -
ECL2 527 H - - - - -
ECL2 528 T - - - - -
ECL2 529 P - - - - -
ECL2 530 S - - - - -
ECL2 531 G - - - - -
ECL2 532 R - - - - -
ECL2 533 H - - - - -
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ICL3 569 S - - - - -
ICL3 570 A - - - - -
ICL3 571 F - - - - -
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TM6 580 A 6.42x42 GABAB2 7CA5 GABAB1 6W2Y
TM6 581 L 6.43x43 GABAB2 7CA5 - -
TM6 582 H 6.44x44 GABAB2 7CA5 - -
TM6 583 N 6.45x45 GABAB2 7CA5 GABAB2 7C7Q
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TM6 588 S 6.50x50 GABAB2 7CA5 - -
TM6 589 A 6.51x51 GABAB2 7CA5 - -
TM6 590 A 6.52x52 GABAB2 7CA5 mGlu5 receptor 6N51
TM6 591 F 6.53x53 GABAB2 7CA5 mGlu5 receptor 6N51
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TM6 596 F 6.58x58 GABAB2 7CA5 mGlu5 receptor 6N51
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TM6 598 L 6.60x60 GABAB2 7C7Q GABAB1 6W2Y
ECL3 599 V - - - - -
ECL3 600 P - - - - -
ECL3 601 S - - - - -
ECL3 602 L - - - - -
TM7 603 H 7.24x25 GABAB2 7C7Q - -
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TM7 610 L 7.31x32 GABAB2 7CA5 - -
TM7 611 F 7.32x33 GABAB2 7CA5 - -
TM7 612 F 7.33x34 GABAB2 7CA5 - -
TM7 613 F 7.34x35 GABAB2 7CA5 mGlu5 receptor 6N51
TM7 614 H 7.35x36 GABAB2 7CA5 - -
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TM7 616 H 7.37x38 GABAB2 7CA5 - -
TM7 617 S 7.38x39 GABAB2 7CA5 - -
TM7 618 T 7.39x40 GABAB2 7CA5 - -
TM7 619 V 7.40x41 GABAB2 7CA5 mGlu1 receptor 4OR2
TM7 620 T 7.41x42 GABAB2 7CA5 GABAB2 7C7Q
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TM7 622 T 7.43x44 GABAB2 7CA5 GABAB2 7C7Q
TM7 623 L 7.44x45 GABAB2 7CA5 mGlu5 receptor 6N51
TM7 624 A 7.45x46 GABAB2 7CA5 CaS receptor 7DTU
TM7 625 L 7.46x47 GABAB2 7CA5 GABAB2 7C7Q
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TM7 627 F 7.48x48 GABAB2 7CA5 mGlu5 receptor 6N51
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TM7 629 P 7.50x50 GABAB2 7CA5 mGlu5 receptor 6N51
TM7 630 K 7.51x51 GABAB2 7CA5 mGlu5 receptor 6N51
TM7 631 F 7.52x52 GABAB2 7CA5 - -
TM7 632 W 7.53x53 GABAB2 7CA5 - -
TM7 633 K 7.54x54 GABAB2 7CA5 - -
TM7 634 L 7.55x55 GABAB2 7CA5 GABAB2 7C7Q
TM7 635 G 7.56x56 GABAB2 7CA5 - -
TM7 636 A 7.57x57 GABAB2 7CA5 mGlu1 receptor 4OR2
TM7 637 P 7.58x58 GABAB2 7CA5 - -
H8 638 P 8.46x46 mGlu5 receptor 4OO9 mGlu5 receptor 4OO9
H8 639 R 8.47x47 mGlu5 receptor 4OO9 - -
H8 640 E 8.48x48 mGlu5 receptor 4OO9 - -
H8 641 E 8.49x49 mGlu5 receptor 4OO9 - -
H8 642 M 8.50x50 - - - -
H8 643 V 8.51x51 - - - -
H8 644 D 8.52x52 - - - -
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H8 646 V 8.54x54 - - - -
H8 647 C 8.55x55 - - - -
H8 648 E 8.56x56 - - - -
H8 649 D 8.57x57 - - - -
C-term 650 E - - - - -
C-term 651 L - - - - -
C-term 652 D - - - - -
C-term 653 L - - - - -
C-term 654 Q - - - - -