V2 receptor homology model

PROTEIN CLASS

Class A (Rhodopsin)

RECEPTOR

SPECIES

Homo sapiens

STATE

Intermediate

VERSION

2021-09-08

MODEL

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

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MAIN TEMPLATE

MC4 receptor (sequence similarity: 26%) PDB: 6W25

TEMPLATES

7KH0 (V2 receptor)
6W25 (MC4 receptor)
6ME7 (MT2 receptor)
7MBX (CCK1 receptor)
4S0V (OX2 receptor)
3SN6 (β2-adrenoceptor)
6OSA (NTS1 receptor)
None
Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 67.5 20.8 11.7
Side-chains 15.5 67.2 17.4

Number of backbone templates: 7
Number of rotamer templates: 20

Segment Seq.num. AA GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
N-term 28 P - - - - -
N-term 29 L - - - - -
N-term 30 D - - - - -
N-term 31 T - - - - -
N-term 32 R - - - - -
TM1 33 D 1.28x28 V2 receptor 7KH0 V2 receptor 7KH0
TM1 34 P 1.29x29 V2 receptor 7KH0 V2 receptor 7KH0
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TM1 36 L 1.31x31 V2 receptor 7KH0 V2 receptor 7KH0
TM1 37 A 1.32x32 V2 receptor 7KH0 V2 receptor 7KH0
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TM1 39 A 1.34x34 V2 receptor 7KH0 V2 receptor 7KH0
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TM1 41 L 1.36x36 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
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TM1 43 L 1.38x38 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
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TM1 60 A 1.55x55 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
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ICL1 70 H - - - - -
ICL1 71 W - - - - -
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ECL1 105 F 23.50x50 MT2 receptor 6ME7 V2 receptor 7KH0
ECL1 106 R 23.51x51 MT2 receptor 6ME7 V2 receptor 7DW9
ECL1 107 G 23.52x52 - - - -
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TM3 121 V 3.34x34 MC4 receptor 6W25 GPR52 6LI1
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TM3 124 Y 3.37x37 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
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TM3 135 L 3.48x48 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM3 136 D 3.49x49 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM3 137 R 3.50x50 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM3 138 H 3.51x51 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM3 139 R 3.52x52 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM3 140 A 3.53x53 MC4 receptor 6W25 GPR52 6LI1
TM3 141 I 3.54x54 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM3 142 C 3.55x55 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM3 143 R 3.56x56 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
ICL2 144 P 34.50x50 - - - -
ICL2 145 M 34.51x51 CCK1 receptor 7MBX MT2 receptor 6ME7
ICL2 146 L 34.52x52 CCK1 receptor 7MBX OX1 receptor 6TO7
ICL2 147 A 34.53x53 CCK1 receptor 7MBX NTS1 receptor 6OSA
ICL2 148 Y 34.54x54 CCK1 receptor 7MBX - -
ICL2 149 R 34.55x55 CCK1 receptor 7MBX MT2 receptor 6ME6
ICL2 150 H 34.56x56 CCK1 receptor 7MBX DP2 receptor 6D27
ICL2 151 G 34.57x57 - - - -
TM4 152 S 4.38x38 MC4 receptor 6W25 NTS1 receptor 6OSA
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TM4 155 H 4.41x41 MC4 receptor 6W25 CCK1 receptor 7MBX
TM4 156 W 4.42x42 MC4 receptor 6W25 - -
TM4 157 N 4.43x43 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM4 158 R 4.44x44 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM4 159 P 4.45x45 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM4 160 V 4.46x46 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM4 161 L 4.47x47 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM4 162 V 4.48x48 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM4 163 A 4.49x49 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM4 164 W 4.50x50 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM4 165 A 4.51x51 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM4 166 F 4.52x52 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM4 167 S 4.53x53 MC4 receptor 6W25 GPR52 6LI1
TM4 168 L 4.54x54 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM4 169 L 4.55x55 MC4 receptor 6W25 GPR52 6LI1
TM4 170 L 4.56x56 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM4 171 S 4.57x57 V2 receptor 7KH0 V2 receptor 7KH0
TM4 172 L 4.58x59 V2 receptor 7KH0 V2 receptor 7KH0
TM4 173 P 4.59x60 MC4 receptor 6W25 GPR52 6LI1
TM4 174 Q 4.60x61 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM4 175 L 4.61x62 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM4 176 F 4.62x63 MC4 receptor 6W25 GPR52 6LI1
TM4 177 I 4.63x64 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7DW9
TM4 178 F 4.64x65 V2 receptor 7KH0 V2 receptor 7KH0
ECL2 179 A - - - - -
ECL2 180 Q - OX2 receptor 4S0V - -
ECL2 181 R - OX2 receptor 4S0V - -
ECL2 182 N - OX2 receptor 4S0V - -
ECL2 183 V - OX2 receptor 4S0V OX2 receptor 4S0V
ECL2 184 E - OX2 receptor 4S0V - -
ECL2 185 G - - - - -
ECL2 186 G - - - - -
ECL2 187 S - - - - -
ECL2 188 G - - - - -
ECL2 189 V - - - - -
ECL2 190 T - OX2 receptor 4S0V - -
ECL2 191 D - - - - -
ECL2 192 C 45.50x50 V2 receptor 7KH0 V2 receptor 7KH0
ECL2 193 W 45.51x51 V2 receptor 7KH0 V2 receptor 7KH0
ECL2 194 A 45.52x52 V2 receptor 7KH0 V2 receptor 7KH0
ECL2 195 C - - - - -
ECL2 196 F - V2 receptor 7KH0 V2 receptor 7KH0
ECL2 197 A - V2 receptor 7KH0 V2 receptor 7KH0
ECL2 198 E - V2 receptor 7KH0 - -
ECL2 199 P - - - - -
TM5 200 W 5.33x34 V2 receptor 7KH0 V2 receptor 7KH0
TM5 201 G 5.34x35 V2 receptor 7KH0 V2 receptor 7KH0
TM5 202 R 5.35x36 MC4 receptor 6W25 - -
TM5 203 R 5.36x37 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM5 204 T 5.37x38 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM5 205 Y 5.38x39 MC4 receptor 6W25 GPR52 6LI0
TM5 206 V 5.39x40 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM5 207 T 5.40x41 MC4 receptor 6W25 GPR52 6LI1
TM5 208 W 5.41x42 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM5 209 I 5.42x43 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM5 210 A 5.43x44 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM5 211 L 5.44x45 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM5 212 M 5.45x46 V2 receptor 7KH0 V2 receptor 7KH0
TM5 213 V 5.46x461 V2 receptor 7KH0 V2 receptor 7KH0
TM5 214 F 5.47x47 V2 receptor 7KH0 V2 receptor 7KH0
TM5 215 V 5.48x48 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM5 216 A 5.49x49 MC4 receptor 6W25 GPR52 6LI1
TM5 217 P 5.50x50 MC4 receptor 6W25 GPR52 6LI1
TM5 218 T 5.51x51 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM5 219 L 5.52x52 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM5 220 G 5.53x53 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM5 221 I 5.54x54 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM5 222 A 5.55x55 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM5 223 A 5.56x56 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM5 224 C 5.57x57 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM5 225 Q 5.58x58 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM5 226 V 5.59x59 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM5 227 L 5.60x60 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM5 228 I 5.61x61 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM5 229 F 5.62x62 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM5 230 R 5.63x63 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM5 231 E 5.64x64 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM5 232 I 5.65x65 β2-adrenoceptor 3SN6 GPR52 6LI1
TM5 233 H 5.66x66 β2-adrenoceptor 3SN6 V2 receptor 7KH0
TM5 234 A 5.67x67 β2-adrenoceptor 3SN6 V2 receptor 7KH0
TM5 235 S 5.68x68 β2-adrenoceptor 3SN6 V2 receptor 7KH0
TM5 236 L 5.69x69 β2-adrenoceptor 3SN6 β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 237 V 5.70x70 β2-adrenoceptor 3SN6 V2 receptor 7KH0
TM5 238 P 5.71x71 β2-adrenoceptor 3SN6 V2 receptor 7KH0
TM5 239 G 5.72x72 β2-adrenoceptor 3SN6 - -
TM5 240 P 5.73x73 β2-adrenoceptor 3SN6 - -
TM5 241 S 5.74x74 β2-adrenoceptor 3SN6 A2A receptor 4UHR
TM5 242 E 5.75x75 β2-adrenoceptor 3SN6 β3-adrenoceptor 7DH5
TM5 243 R 5.76x76 β2-adrenoceptor 3SN6 - -
ICL3 244 P - - - - -
ICL3 245 G - - - - -
ICL3 246 G - - - - -
ICL3 247 R - - - - -
ICL3 248 R - - - - -
ICL3 255 S - - - - -
ICL3 256 P - - - - -
ICL3 257 G - - - - -
ICL3 258 E - - - - -
ICL3 259 G - - - - -
TM6 260 A 6.24x24 NTS1 receptor 6OSA Rhodopsin 4X1H
TM6 261 H 6.25x25 NTS1 receptor 6OSA Y2 receptor 7DDZ
TM6 262 V 6.26x26 NTS1 receptor 6OSA β1-adrenoceptor 7BVQ
TM6 263 S 6.27x27 NTS1 receptor 6OSA PAR2 5NDD
TM6 264 A 6.28x28 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM6 265 A 6.29x29 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM6 266 V 6.30x30 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM6 267 A 6.31x31 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM6 268 K 6.32x32 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM6 269 T 6.33x33 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM6 270 V 6.34x34 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM6 271 R 6.35x35 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM6 272 M 6.36x36 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM6 273 T 6.37x37 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM6 274 L 6.38x38 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM6 275 V 6.39x39 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM6 276 I 6.40x40 MC4 receptor 6W25 GPR52 6LI1
TM6 277 V 6.41x41 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM6 278 V 6.42x42 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM6 279 V 6.43x43 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM6 280 Y 6.44x44 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM6 281 V 6.45x45 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM6 282 L 6.46x46 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM6 283 C 6.47x47 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM6 284 W 6.48x48 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM6 285 A 6.49x49 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM6 286 P 6.50x50 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM6 287 F 6.51x51 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM6 288 F 6.52x52 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM6 289 L 6.53x53 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM6 290 V 6.54x54 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM6 291 Q 6.55x55 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM6 292 L 6.56x56 MC4 receptor 6W25 GPR52 6LI1
TM6 293 W 6.57x57 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM6 294 A 6.58x58 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM6 295 A 6.59x59 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM6 296 W 6.60x60 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM6 297 D 6.61x61 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
ECL3 298 P - - - - -
ECL3 299 E - V2 receptor 7KH0 - -
ECL3 300 A - V2 receptor 7KH0 V2 receptor 7KH0
ECL3 301 P - V2 receptor 7KH0 V2 receptor 7KH0
ECL3 302 L - V2 receptor 7KH0 V2 receptor 7KH0
ECL3 303 E - - - - -
TM7 304 G 7.32x31 V2 receptor 7KH0 V2 receptor 7KH0
TM7 305 A 7.33x32 V2 receptor 7KH0 V2 receptor 7KH0
TM7 306 P 7.34x33 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM7 307 F 7.35x34 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM7 308 V 7.36x35 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM7 309 L 7.37x36 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM7 310 L 7.38x37 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM7 311 M 7.39x38 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM7 312 L 7.40x39 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM7 313 L 7.41x40 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM7 314 A 7.42x41 MC4 receptor 6W25 GPR52 6LI1
TM7 315 S 7.43x42 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM7 316 L 7.44x43 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM7 317 N 7.45x45 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM7 318 S 7.46x46 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM7 319 C 7.47x47 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM7 320 T 7.48x48 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM7 321 N 7.49x49 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM7 322 P 7.50x50 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM7 323 W 7.51x51 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM7 324 I 7.52x52 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM7 325 Y 7.53x53 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM7 326 A 7.54x54 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
TM7 327 S 7.55x55 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
TM7 328 F 7.56x56 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
H8 329 S 8.47x47 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
H8 330 S 8.48x48 MC4 receptor 6W25 GPR52 6LI1
H8 331 S 8.49x49 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
H8 332 V 8.50x50 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
H8 333 S 8.51x51 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
H8 334 S 8.52x52 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
H8 335 E 8.53x53 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
H8 336 L 8.54x54 MC4 receptor 6W25 GPR52 6LI1
H8 337 R 8.55x55 MC4 receptor 6W25 GPR52 6LI1
H8 338 S 8.56x56 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
H8 339 L 8.57x57 MC4 receptor 6W25 GPR52 6LI1
H8 340 L 8.58x58 MC4 receptor 6W25 V2 receptor 7KH0
H8 341 C 8.59x59 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
H8 342 C 8.60x60 MC4 receptor 6W25 MC4 receptor 6W25
H8 343 A 8.61x61 MC4 receptor 6W25 - -
H8 344 R 8.62x62 MT2 receptor 6ME7 - -
H8 345 G 8.63x63 MT2 receptor 6ME7 - -
C-term 346 R - - - - -
C-term 347 T - - - - -
C-term 348 P - - - - -
C-term 349 P - - - - -
C-term 350 S - - - - -