CCR4 homology model

PROTEIN CLASS

Class A (Rhodopsin)

RECEPTOR

SPECIES

Homo sapiens

STATE

Active (Δ distance (Å): 9.12 docs)

VERSION

2018-07-10

MAIN TEMPLATE

US28 (sequence similarity: 54%) PDB: 4XT1

TEMPLATES

Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 82.7 9.7 7.7
Side-chains 31.3 53.0 15.7

Number of backbone templates: 4
Number of rotamer templates: 37

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4XT1
4ZUD
5UIW
4MBS
None

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

Segment Seq.num. GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
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TM1 35 1.28x28 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM1 36 1.29x29 US28 4XT1 - -
TM1 37 1.30x30 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM1 38 1.31x31 US28 4XT1 CCR2 5T1A
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TM1 47 1.40x40 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM1 48 1.41x41 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
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TM1 51 1.44x44 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM1 52 1.45x45 US28 4XT1 US28 4XT1
TM1 53 1.46x46 US28 4XT1 US28 4XT1
TM1 54 1.47x47 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM1 55 1.48x48 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
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TM1 61 1.54x54 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
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TM1 63 1.56x56 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
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TM1 66 1.59x59 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM1 67 1.60x60 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
ICL1 68 12.48x48 - - - -
ICL1 69 12.49x49 AT1 receptor 4ZUD β2-adrenoceptor 4LDE
ICL1 70 12.50x50 AT1 receptor 4ZUD AT1 receptor 4ZUD
ICL1 71 12.51x51 - - - -
TM2 72 2.37x37 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM2 73 2.38x38 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM2 74 2.39x39 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM2 75 2.40x40 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 76 2.41x41 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 77 2.42x42 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 78 2.43x43 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM2 79 2.44x44 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM2 80 2.45x45 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 81 2.46x46 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 82 2.47x47 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 83 2.48x48 US28 4XT1 5-HT2C receptor 6BQG
TM2 84 2.49x49 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM2 85 2.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
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TM2 87 2.52x52 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 88 2.53x53 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 89 2.54x54 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 90 2.55x55 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM2 91 2.56x56 US28 4XT1 M2 receptor 4MQT
TM2 92 2.57x57 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 93 2.58x58 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 94 2.59x59 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM2 95 2.60x60 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 96 2.61x61 US28 4XT1 NOP receptor 5DHG
TM2 97 2.62x62 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
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TM2 99 2.64x64 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM2 100 2.65x65 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM2 101 2.66x66 US28 4XT1 US28 4XT1
ECL1 102 23.49x49 - - - -
ECL1 103 23.50x50 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
ECL1 104 23.51x51 CCR5 5UIW Rhodopsin 5DYS
ECL1 105 23.52x52 - - - -
TM3 106 3.21x21 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
TM3 107 3.22x22 CCR5 5UIW 5-HT2B receptor 5TUD
TM3 108 3.23x23 CCR5 5UIW - -
TM3 109 3.24x24 US28 4XT1 - -
TM3 110 3.25x25 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 111 3.26x26 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM3 112 3.27x27 US28 4XT1 A1 receptor 6D9H
TM3 113 3.28x28 US28 4XT1 A2A receptor 5G53
TM3 114 3.29x29 US28 4XT1 AT1 receptor 4ZUD
TM3 115 3.30x30 US28 4XT1 - -
TM3 116 3.31x31 US28 4XT1 CCR9 5LWE
TM3 117 3.32x32 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM3 118 3.33x33 US28 4XT1 A2A receptor 5G53
TM3 119 3.34x34 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 120 3.35x35 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM3 121 3.36x36 US28 4XT1 CB1 receptor 5XRA
TM3 122 3.37x37 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM3 123 3.38x38 US28 4XT1 A2A receptor 5G53
TM3 124 3.39x39 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM3 125 3.40x40 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM3 126 3.41x41 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM3 127 3.42x42 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 128 3.43x43 US28 4XT1 NTS1 receptor 5T04
TM3 129 3.44x44 US28 4XT1 CCR9 5LWE
TM3 130 3.45x45 US28 4XT1 CB1 receptor 5XRA
TM3 131 3.46x46 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM3 132 3.47x47 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM3 133 3.48x48 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM3 134 3.49x49 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 135 3.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 136 3.51x51 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 137 3.52x52 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM3 138 3.53x53 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 139 3.54x54 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 140 3.55x55 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 141 3.56x56 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
ICL2 142 34.50x50 - - - -
ICL2 143 34.51x51 CCR5 5UIW μ receptor 5C1M
ICL2 144 34.52x52 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
ICL2 145 34.53x53 CCR5 5UIW LPA6 receptor 5XSZ
ICL2 146 34.54x54 CCR5 5UIW μ receptor 5C1M
ICL2 147 34.55x55 CCR5 5UIW Rhodopsin 4ZWJ
ICL2 148 34.56x56 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
ICL2 149 34.57x57 - - - -
TM4 150 4.38x38 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM4 151 4.39x39 US28 4XT1 CXCR4 3ODU
TM4 152 4.40x40 US28 4XT1 5-HT2C receptor 6BQG
TM4 153 4.41x41 US28 4XT1 CCR9 5LWE
TM4 154 4.42x42 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM4 155 4.43x43 US28 4XT1 CB1 receptor 5XRA
TM4 156 4.44x44 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM4 157 4.45x45 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM4 158 4.46x46 US28 4XT1 US28 4XT1
TM4 159 4.47x47 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 160 4.48x48 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM4 161 4.49x49 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM4 162 4.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM4 163 4.51x51 US28 4XT1 - -
TM4 164 4.52x52 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 165 4.53x53 US28 4XT1 US28 4XT1
TM4 166 4.54x54 US28 4XT1 US28 4XT1
TM4 167 4.55x55 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM4 168 4.56x56 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM4 169 4.57x57 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM4 170 4.58x59 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM4 171 4.59x60 US28 4XT1 US28 4XT1
TM4 172 4.60x61 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM4 173 4.61x62 US28 4XT1 US28 4XT1
TM4 174 4.62x63 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM4 175 4.63x64 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
TM4 176 4.64x65 CCR5 5UIW - -
ECL2 177 - - - -
ECL2 178 CCR5 5UIW - -
ECL2 179 CCR5 5UIW - -
ECL2 180 CCR5 5UIW - -
ECL2 181 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
ECL2 182 CCR5 5UIW - -
ECL2 183 CCR5 5UIW - -
ECL2 184 CCR5 5UIW - -
ECL2 185 CCR5 5UIW - -
ECL2 186 - - - -
ECL2 187 45.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
ECL2 188 45.51x51 US28 4XT1 - -
ECL2 189 45.52x52 US28 4XT1 US28 4XT1
ECL2 190 - - - -
ECL2 191 - - - -
ECL2 192 - - - -
ECL2 193 - - - -
TM5 194 5.30x31 CCR5 5UIW - -
TM5 195 5.31x32 CCR5 5UIW δ receptor 4N6H
TM5 196 5.32x33 CCR5 5UIW NTS1 receptor 5T04
TM5 197 5.33x34 US28 4XT1 - -
TM5 198 5.34x35 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM5 199 5.35x36 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM5 200 5.36x37 US28 4XT1 CXCR4 3ODU
TM5 201 5.37x38 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM5 202 5.38x39 US28 4XT1 - -
TM5 203 5.39x40 US28 4XT1 P2Y1 receptor 4XNW
TM5 204 5.40x41 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM5 205 5.41x42 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 206 5.42x43 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM5 207 5.43x44 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM5 208 5.44x45 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM5 209 5.45x46 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM5 210 5.46x461 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM5 211 5.47x47 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM5 212 5.48x48 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 213 5.49x49 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 214 5.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 215 5.51x51 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 216 5.52x52 US28 4XT1 OX1 receptor 4ZJ8
TM5 217 5.53x53 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM5 218 5.54x54 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 219 5.55x55 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM5 220 5.56x56 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM5 221 5.57x57 US28 4XT1 US28 4XT1
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TM5 223 5.59x59 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 224 5.60x60 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM5 225 5.61x61 US28 4XT1 US28 4XT1
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TM5 228 5.64x64 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
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TM5 230 5.66x66 US28 4XT1 5-HT2B receptor 5TUD
TM5 231 5.67x67 US28 4XT1 CXCR4 3OE0
TM5 232 5.68x68 US28 4XT1 - -
ICL3 233 - - - -
ICL3 234 - - - -
ICL3 235 - - - -
ICL3 236 - - - -
TM6 237 6.30x30 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 238 6.31x31 US28 4XT1 - -
TM6 239 6.32x32 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM6 240 6.33x33 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 241 6.34x34 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 242 6.35x35 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM6 243 6.36x36 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM6 244 6.37x37 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM6 245 6.38x38 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM6 246 6.39x39 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 247 6.40x40 US28 4XT1 US28 4XT1
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TM6 249 6.42x42 US28 4XT1 CB1 receptor 5XRA
TM6 250 6.43x43 US28 4XT1 5-HT2B receptor 5TUD
TM6 251 6.44x44 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 252 6.45x45 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM6 253 6.46x46 US28 4XT1 NOP receptor 5DHG
TM6 254 6.47x47 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 255 6.48x48 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 256 6.49x49 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM6 257 6.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 258 6.51x51 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 259 6.52x52 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM6 260 6.53x53 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
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TM6 262 6.55x55 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 263 6.56x56 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 264 6.57x57 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM6 265 6.58x58 US28 4XT1 κ receptor 4DJH
TM6 266 6.59x59 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 267 6.60x60 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 268 6.61x61 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM6 269 6.62x62 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM6 270 6.63x63 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 271 6.64x64 US28 4XT1 CXCR4 3ODU
TM6 272 6.65x65 CCR5 4MBS - -
ECL3 273 - - - -
ECL3 274 - - - -
TM7 275 7.24x23 CCR5 5UIW AT1 receptor 4ZUD
TM7 276 7.25x24 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 277 7.26x25 US28 4XT1 P2Y12 receptor 4NTJ
TM7 278 7.27x26 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 279 7.28x27 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 280 7.29x28 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 281 7.30x29 US28 4XT1 - -
TM7 282 7.31x30 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 283 7.32x31 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM7 284 7.33x32 US28 4XT1 NTS1 receptor 5T04
TM7 285 7.34x33 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 286 7.35x34 US28 4XT1 CXCR4 3ODU
TM7 287 7.36x35 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM7 288 7.37x36 US28 4XT1 D4 receptor 5WIV
TM7 289 7.38x37 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 290 7.39x38 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 291 7.40x39 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM7 292 7.41x40 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 293 7.42x41 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 294 7.43x42 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 295 7.44x43 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM7 296 7.45x45 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 297 7.46x46 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 298 7.47x47 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 299 7.48x48 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 300 7.49x49 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 301 7.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 302 7.51x51 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM7 303 7.52x52 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM7 304 7.53x53 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 305 7.54x54 US28 4XT1 P2Y1 receptor 4XNW
TM7 306 7.55x55 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 307 7.56x56 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
H8 308 8.47x47 US28 4XT1 US28 4XT1
H8 309 8.48x48 US28 4XT1 CCR5 4MBS
H8 310 8.49x49 US28 4XT1 A1 receptor 6D9H
H8 311 8.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
H8 312 8.51x51 US28 4XT1 US28 4XT1
H8 313 8.52x52 US28 4XT1 H1 receptor 3RZE
H8 314 8.53x53 US28 4XT1 CCR5 5UIW
H8 315 8.54x54 US28 4XT1 - -
H8 316 8.55x55 US28 4XT1 Rhodopsin 4ZWJ
H8 317 8.56x56 US28 4XT1 LPA1 receptor 4Z36
H8 318 8.57x57 US28 4XT1 US28 4XT1
H8 319 8.58x58 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
H8 320 8.59x59 US28 4XT1 CCR9 5LWE
C-term 321 - - - -
C-term 322 - - - -
C-term 323 - - - -
C-term 324 - - - -
C-term 325 - - - -