CCR5 homology model

PROTEIN CLASS

Class A (Rhodopsin)

RECEPTOR

SPECIES

Homo sapiens

STATE

Active (Δ distance (Å): 9.13 docs)

VERSION

2018-07-10

MAIN TEMPLATE

US28 (sequence similarity: 50%) PDB: 4XT1

TEMPLATES

Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 83.4 10.9 5.6
Side-chains 27.5 63.9 8.6

Number of backbone templates: 4
Number of rotamer templates: 23

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4XT1
4ZUD
5UIW
4MBS
None

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

Segment Seq.num. GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
N-term 17 US28 4XT1 US28 4XT1
N-term 18 US28 4XT1 US28 4XT1
N-term 19 US28 4XT1 US28 4XT1
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N-term 21 US28 4XT1 US28 4XT1
TM1 22 1.24x24 US28 4XT1 - -
TM1 23 1.25x25 US28 4XT1 ETB receptor 5X93
TM1 24 1.26x26 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM1 25 1.27x27 US28 4XT1 US28 4XT1
TM1 26 1.28x28 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM1 27 1.29x29 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM1 28 1.30x30 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM1 29 1.31x31 US28 4XT1 CCR5 5UIW
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TM1 31 1.33x33 US28 4XT1 CCR5 5UIW
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TM1 35 1.37x37 US28 4XT1 CCR5 5UIW
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TM1 40 1.42x42 US28 4XT1 US28 4XT1
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TM1 43 1.45x45 US28 4XT1 US28 4XT1
TM1 44 1.46x46 US28 4XT1 US28 4XT1
TM1 45 1.47x47 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM1 46 1.48x48 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM1 47 1.49x49 US28 4XT1 US28 4XT1
TM1 48 1.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM1 49 1.51x51 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM1 50 1.52x52 US28 4XT1 US28 4XT1
TM1 51 1.53x53 US28 4XT1 US28 4XT1
TM1 52 1.54x54 US28 4XT1 US28 4XT1
TM1 53 1.55x55 US28 4XT1 5-HT2B receptor 5TUD
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ICL1 59 12.48x48 - - - -
ICL1 60 12.49x49 AT1 receptor 4ZUD β2-adrenoceptor 4LDE
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ICL1 62 12.51x51 - - - -
TM2 63 2.37x37 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM2 64 2.38x38 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM2 65 2.39x39 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM2 66 2.40x40 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 67 2.41x41 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM2 68 2.42x42 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 69 2.43x43 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM2 70 2.44x44 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM2 71 2.45x45 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 72 2.46x46 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 73 2.47x47 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 74 2.48x48 US28 4XT1 5-HT2C receptor 6BQG
TM2 75 2.49x49 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM2 76 2.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 77 2.51x51 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 78 2.52x52 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM2 79 2.53x53 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 80 2.54x54 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM2 81 2.55x55 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM2 82 2.56x56 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 83 2.57x57 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM2 84 2.58x58 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 85 2.59x59 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM2 86 2.60x60 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 87 2.61x61 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM2 88 2.62x62 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM2 89 2.63x63 US28 4XT1 US28 4XT1
TM2 90 2.64x64 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM2 91 2.65x65 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM2 92 2.66x66 US28 4XT1 ETB receptor 5X93
ECL1 93 23.49x49 - - - -
ECL1 94 23.50x50 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
ECL1 95 23.51x51 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
ECL1 96 23.52x52 - - - -
TM3 97 3.21x21 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
TM3 98 3.22x22 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
TM3 99 3.23x23 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
TM3 100 3.24x24 US28 4XT1 - -
TM3 101 3.25x25 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 102 3.26x26 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM3 103 3.27x27 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 104 3.28x28 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 105 3.29x29 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 106 3.30x30 US28 4XT1 CB1 receptor 5XRA
TM3 107 3.31x31 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM3 108 3.32x32 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM3 109 3.33x33 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM3 110 3.34x34 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM3 111 3.35x35 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM3 112 3.36x36 US28 4XT1 CB1 receptor 5XRA
TM3 113 3.37x37 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 114 3.38x38 US28 4XT1 A2A receptor 5G53
TM3 115 3.39x39 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM3 116 3.40x40 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM3 117 3.41x41 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM3 118 3.42x42 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 119 3.43x43 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 120 3.44x44 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM3 121 3.45x45 US28 4XT1 CB1 receptor 5XRA
TM3 122 3.46x46 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM3 123 3.47x47 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM3 124 3.48x48 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM3 125 3.49x49 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 126 3.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 127 3.51x51 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 128 3.52x52 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM3 129 3.53x53 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 130 3.54x54 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM3 131 3.55x55 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 132 3.56x56 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
ICL2 133 34.50x50 - - - -
ICL2 134 34.51x51 CCR5 5UIW κ receptor 6B73
ICL2 135 34.52x52 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
ICL2 136 34.53x53 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
ICL2 137 34.54x54 CCR5 5UIW κ receptor 6B73
ICL2 138 34.55x55 CCR5 5UIW BLT1 receptor 5X33
ICL2 139 34.56x56 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
ICL2 140 34.57x57 - - - -
TM4 141 4.38x38 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM4 142 4.39x39 US28 4XT1 US28 4XT1
TM4 143 4.40x40 US28 4XT1 5-HT2C receptor 6BQG
TM4 144 4.41x41 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM4 145 4.42x42 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM4 146 4.43x43 US28 4XT1 CB1 receptor 5XRA
TM4 147 4.44x44 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 148 4.45x45 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM4 149 4.46x46 US28 4XT1 US28 4XT1
TM4 150 4.47x47 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM4 151 4.48x48 US28 4XT1 5-HT2C receptor 6BQG
TM4 152 4.49x49 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM4 153 4.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM4 154 4.51x51 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM4 155 4.52x52 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 156 4.53x53 US28 4XT1 US28 4XT1
TM4 157 4.54x54 US28 4XT1 US28 4XT1
TM4 158 4.55x55 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM4 159 4.56x56 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM4 160 4.57x57 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM4 161 4.58x59 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM4 162 4.59x60 US28 4XT1 US28 4XT1
TM4 163 4.60x61 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM4 164 4.61x62 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM4 165 4.62x63 US28 4XT1 5-HT2B receptor 5TUD
TM4 166 4.63x64 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
TM4 167 4.64x65 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
ECL2 168 - - - -
ECL2 169 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
ECL2 170 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
ECL2 171 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
ECL2 172 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
ECL2 173 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
ECL2 174 CCR5 5UIW - -
ECL2 175 CCR5 5UIW - -
ECL2 176 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
ECL2 177 - - - -
ECL2 178 45.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
ECL2 179 45.51x51 US28 4XT1 κ receptor 6B73
ECL2 180 45.52x52 US28 4XT1 CCR5 5UIW
ECL2 181 - - - -
ECL2 182 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
ECL2 183 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
ECL2 184 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
ECL2 185 - - - -
TM5 186 5.30x31 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
TM5 187 5.31x32 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
TM5 188 5.32x33 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
TM5 189 5.33x34 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM5 190 5.34x35 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM5 191 5.35x36 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM5 192 5.36x37 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM5 193 5.37x38 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM5 194 5.38x39 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM5 195 5.39x40 US28 4XT1 M2 receptor 4MQT
TM5 196 5.40x41 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM5 197 5.41x42 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM5 198 5.42x43 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM5 199 5.43x44 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM5 200 5.44x45 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM5 201 5.45x46 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM5 202 5.46x461 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM5 203 5.47x47 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM5 204 5.48x48 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 205 5.49x49 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM5 206 5.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 207 5.51x51 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 208 5.52x52 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM5 209 5.53x53 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 210 5.54x54 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 211 5.55x55 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM5 212 5.56x56 US28 4XT1 5-HT2C receptor 6BQG
TM5 213 5.57x57 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 214 5.58x58 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 215 5.59x59 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 216 5.60x60 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM5 217 5.61x61 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 218 5.62x62 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM5 219 5.63x63 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM5 220 5.64x64 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM5 221 5.65x65 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM5 222 5.66x66 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM5 223 5.67x67 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 224 5.68x68 US28 4XT1 - -
ICL3 225 US28 4XT1 - -
ICL3 226 US28 4XT1 - -
ICL3 227 US28 4XT1 - -
TM6 228 6.28x28 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
TM6 229 6.29x29 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 4LDE
TM6 230 6.30x30 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM6 231 6.31x31 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 4LDE
TM6 232 6.32x32 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 233 6.33x33 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 234 6.34x34 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 235 6.35x35 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 236 6.36x36 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM6 237 6.37x37 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM6 238 6.38x38 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM6 239 6.39x39 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM6 240 6.40x40 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 241 6.41x41 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 242 6.42x42 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM6 243 6.43x43 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 244 6.44x44 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM6 245 6.45x45 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM6 246 6.46x46 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 247 6.47x47 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 248 6.48x48 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 249 6.49x49 US28 4XT1 M2 receptor 4MQT
TM6 250 6.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 251 6.51x51 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 252 6.52x52 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM6 253 6.53x53 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM6 254 6.54x54 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM6 255 6.55x55 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 256 6.56x56 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM6 257 6.57x57 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM6 258 6.58x58 US28 4XT1 M2 receptor 4MQT
TM6 259 6.59x59 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 260 6.60x60 US28 4XT1 M2 receptor 4MQT
TM6 261 6.61x61 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM6 262 6.62x62 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM6 263 6.63x63 US28 4XT1 - -
TM6 264 6.64x64 US28 4XT1 CCR5 4MBS
TM6 265 6.65x65 CCR5 4MBS CCR5 4MBS
ECL3 266 - - - -
ECL3 267 - - - -
TM7 268 7.24x23 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
TM7 269 7.25x24 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 270 7.26x25 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM7 271 7.27x26 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM7 272 7.28x27 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM7 273 7.29x28 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM7 274 7.30x29 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM7 275 7.31x30 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 276 7.32x31 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM7 277 7.33x32 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM7 278 7.34x33 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 279 7.35x34 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM7 280 7.36x35 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM7 281 7.37x36 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM7 282 7.38x37 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 283 7.39x38 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 284 7.40x39 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM7 285 7.41x40 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 286 7.42x41 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM7 287 7.43x42 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM7 288 7.44x43 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM7 289 7.45x45 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 290 7.46x46 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 291 7.47x47 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 292 7.48x48 US28 4XT1 5-HT2C receptor 6BQG
TM7 293 7.49x49 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 294 7.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 295 7.51x51 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM7 296 7.52x52 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM7 297 7.53x53 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 298 7.54x54 US28 4XT1 μ receptor 6DDF
TM7 299 7.55x55 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 300 7.56x56 US28 4XT1 US28 4XT1
H8 301 8.47x47 US28 4XT1 US28 4XT1
H8 302 8.48x48 US28 4XT1 CCR5 4MBS
H8 303 8.49x49 US28 4XT1 A1 receptor 6D9H
H8 304 8.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
H8 305 8.51x51 US28 4XT1 US28 4XT1
H8 306 8.52x52 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
H8 307 8.53x53 US28 4XT1 CCR5 5UIW
H8 308 8.54x54 US28 4XT1 US28 4XT1
H8 309 8.55x55 US28 4XT1 Rhodopsin 4ZWJ
H8 310 8.56x56 US28 4XT1 CCR5 4MBS
H8 311 8.57x57 US28 4XT1 CCR5 5UIW
H8 312 8.58x58 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
H8 313 8.59x59 US28 4XT1 CCR5 5UIW
C-term 314 - - - -
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