CCR8 homology model

PROTEIN CLASS

Class A (Rhodopsin)

RECEPTOR

SPECIES

Homo sapiens

STATE

Active (Δ distance (Å): 9.12 docs)

VERSION

2018-07-10

MAIN TEMPLATE

US28 (sequence similarity: 52%) PDB: 4XT1

TEMPLATES

Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 82.7 9.7 7.7
Side-chains 26.7 56.0 17.3

Number of backbone templates: 4
Number of rotamer templates: 37

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4XT1
4ZUD
5UIW
4MBS
None

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

Segment Seq.num. GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
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ICL1 64 12.48x48 - - - -
ICL1 65 12.49x49 AT1 receptor 4ZUD Rhodopsin 5DYS
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ICL1 67 12.51x51 - - - -
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TM2 97 2.66x66 US28 4XT1 US28 4XT1
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ECL1 99 23.50x50 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
ECL1 100 23.51x51 CCR5 5UIW Rhodopsin 5DYS
ECL1 101 23.52x52 - - - -
TM3 102 3.21x21 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
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TM3 114 3.33x33 US28 4XT1 US28 4XT1
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TM3 116 3.35x35 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
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TM3 121 3.40x40 US28 4XT1 - -
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TM3 125 3.44x44 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 126 3.45x45 US28 4XT1 CB1 receptor 5XRA
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TM3 129 3.48x48 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM3 130 3.49x49 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 131 3.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 132 3.51x51 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 133 3.52x52 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM3 134 3.53x53 US28 4XT1 US28 4XT1
TM3 135 3.54x54 US28 4XT1 κ receptor 6B73
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ICL2 138 34.50x50 - - - -
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ICL2 141 34.53x53 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
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ICL2 144 34.56x56 CCR5 5UIW A1 receptor 6D9H
ICL2 145 34.57x57 - - - -
TM4 146 4.38x38 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM4 147 4.39x39 US28 4XT1 - -
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TM4 149 4.41x41 US28 4XT1 M2 receptor 4MQS
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TM4 152 4.44x44 US28 4XT1 - -
TM4 153 4.45x45 US28 4XT1 BLT1 receptor 5X33
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TM4 155 4.47x47 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM4 156 4.48x48 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM4 157 4.49x49 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
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TM4 163 4.55x55 US28 4XT1 - -
TM4 164 4.56x56 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM4 165 4.57x57 US28 4XT1 CXCR4 3ODU
TM4 166 4.58x59 US28 4XT1 US28 4XT1
TM4 167 4.59x60 US28 4XT1 US28 4XT1
TM4 168 4.60x61 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM4 169 4.61x62 US28 4XT1 M2 receptor 4MQT
TM4 170 4.62x63 US28 4XT1 5-HT2C receptor 6BQG
TM4 171 4.63x64 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
TM4 172 4.64x65 CCR5 5UIW - -
ECL2 173 - - - -
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ECL2 175 CCR5 5UIW - -
ECL2 176 CCR5 5UIW - -
ECL2 177 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
ECL2 178 CCR5 5UIW - -
ECL2 179 CCR5 5UIW - -
ECL2 180 CCR5 5UIW - -
ECL2 181 CCR5 5UIW - -
ECL2 182 - - - -
ECL2 183 45.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
ECL2 184 45.51x51 US28 4XT1 M2 receptor 4MQT
ECL2 185 45.52x52 US28 4XT1 CCR5 5UIW
ECL2 186 - - - -
ECL2 187 - - - -
ECL2 188 - - - -
ECL2 189 - - - -
TM5 190 5.30x31 CCR5 5UIW CCR5 5UIW
TM5 191 5.31x32 CCR5 5UIW μ receptor 5C1M
TM5 192 5.32x33 CCR5 5UIW P2Y1 receptor 4XNW
TM5 193 5.33x34 US28 4XT1 - -
TM5 194 5.34x35 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM5 195 5.35x36 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM5 196 5.36x37 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 197 5.37x38 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM5 198 5.38x39 US28 4XT1 δ receptor 4N6H
TM5 199 5.39x40 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 200 5.40x41 US28 4XT1 M2 receptor 4MQT
TM5 201 5.41x42 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM5 202 5.42x43 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM5 203 5.43x44 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM5 204 5.44x45 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM5 205 5.45x46 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM5 206 5.46x461 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM5 207 5.47x47 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM5 208 5.48x48 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM5 209 5.49x49 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 210 5.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 211 5.51x51 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM5 212 5.52x52 US28 4XT1 5-HT2C receptor 6BQG
TM5 213 5.53x53 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM5 214 5.54x54 US28 4XT1 - -
TM5 215 5.55x55 US28 4XT1 - -
TM5 216 5.56x56 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM5 217 5.57x57 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 218 5.58x58 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 219 5.59x59 US28 4XT1 M4 receptor 5DSG
TM5 220 5.60x60 US28 4XT1 Y1 receptor 5ZBH
TM5 221 5.61x61 US28 4XT1 US28 4XT1
TM5 222 5.62x62 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM5 223 5.63x63 US28 4XT1 5-HT2B receptor 5TUD
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TM5 227 5.67x67 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM5 228 5.68x68 US28 4XT1 - -
ICL3 229 - - - -
ICL3 230 - - - -
ICL3 231 - - - -
ICL3 232 - - - -
TM6 233 6.30x30 US28 4XT1 US28 4XT1
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TM6 235 6.32x32 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM6 236 6.33x33 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 237 6.34x34 US28 4XT1 - -
TM6 238 6.35x35 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 239 6.36x36 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM6 240 6.37x37 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM6 241 6.38x38 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM6 242 6.39x39 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM6 243 6.40x40 US28 4XT1 US28 4XT1
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TM6 245 6.42x42 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM6 246 6.43x43 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM6 247 6.44x44 US28 4XT1 - -
TM6 248 6.45x45 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM6 249 6.46x46 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
TM6 250 6.47x47 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 251 6.48x48 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 252 6.49x49 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM6 253 6.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 254 6.51x51 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM6 255 6.52x52 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM6 256 6.53x53 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM6 257 6.54x54 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM6 258 6.55x55 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 259 6.56x56 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 260 6.57x57 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM6 261 6.58x58 US28 4XT1 A2A receptor 5G53
TM6 262 6.59x59 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM6 263 6.60x60 US28 4XT1 US28 4XT1
TM6 264 6.61x61 US28 4XT1 Rhodopsin 5DYS
TM6 265 6.62x62 US28 4XT1 apelin receptor 5VBL
TM6 266 6.63x63 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM6 267 6.64x64 US28 4XT1 - -
TM6 268 6.65x65 CCR5 4MBS - -
ECL3 269 - - - -
ECL3 270 - - - -
TM7 271 7.24x23 CCR5 5UIW LPA6 receptor 5XSZ
TM7 272 7.25x24 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 273 7.26x25 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM7 274 7.27x26 US28 4XT1 AT1 receptor 4ZUD
TM7 275 7.28x27 US28 4XT1 CCR5 5UIW
TM7 276 7.29x28 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM7 277 7.30x29 US28 4XT1 CCR2 5T1A
TM7 278 7.31x30 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 279 7.32x31 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM7 280 7.33x32 US28 4XT1 NTS1 receptor 5T04
TM7 281 7.34x33 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 282 7.35x34 US28 4XT1 A1 receptor 6D9H
TM7 283 7.36x35 US28 4XT1 μ receptor 5C1M
TM7 284 7.37x36 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM7 285 7.38x37 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 286 7.39x38 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 287 7.40x39 US28 4XT1 FFA1 receptor 5TZY
TM7 288 7.41x40 US28 4XT1 LPA6 receptor 5XSZ
TM7 289 7.42x41 US28 4XT1 A2A receptor 5G53
TM7 290 7.43x42 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 291 7.44x43 US28 4XT1 κ receptor 6B73
TM7 292 7.45x45 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 293 7.46x46 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 294 7.47x47 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 295 7.48x48 US28 4XT1 AT2 receptor 5UNG
TM7 296 7.49x49 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 297 7.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 298 7.51x51 US28 4XT1 μ receptor 6DDF
TM7 299 7.52x52 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
TM7 300 7.53x53 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 301 7.54x54 US28 4XT1 μ receptor 6DDF
TM7 302 7.55x55 US28 4XT1 US28 4XT1
TM7 303 7.56x56 US28 4XT1 US28 4XT1
H8 304 8.47x47 US28 4XT1 US28 4XT1
H8 305 8.48x48 US28 4XT1 CCR5 4MBS
H8 306 8.49x49 US28 4XT1 A1 receptor 6D9H
H8 307 8.50x50 US28 4XT1 US28 4XT1
H8 308 8.51x51 US28 4XT1 5-HT1B receptor 6G79
H8 309 8.52x52 US28 4XT1 D3 receptor 3PBL
H8 310 8.53x53 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
H8 311 8.54x54 US28 4XT1 US28 4XT1
H8 312 8.55x55 US28 4XT1 5-HT2C receptor 6BQG
H8 313 8.56x56 US28 4XT1 β2-adrenoceptor 3SN6
H8 314 8.57x57 US28 4XT1 A2A receptor 5G53
H8 315 8.58x58 US28 4XT1 PAF receptor 5ZKP
H8 316 8.59x59 US28 4XT1 CCR5 5UIW
C-term 317 - - - -
C-term 318 - - - -
C-term 319 - - - -
C-term 320 - - - -
C-term 321 - - - -