acm3_rat

NAME

4U16

ORGANISM

Rat (Rattus norvegicus)

PROTEIN NAME

acm3_rat

SOURCE

SWISSPROT

SEQUENCE

Perspective: Wild-type Construct

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
N-term        
M
T
L
H
S
N
S
T
T
S
10
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
P
L
F
P
N
I
S
S
S
W
20
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
V
H
S
P
S
E
A
G
L
P
30
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
L
G
T
V
T
Q
L
G
S
Y
40
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
N
I
S
Q
E
T
G
N
F
S
50
 
 
 
 
 
 
        
                   
S
N
D
T
S
S
D
P
L
G
60
                   
    TM1          
G
H
T
I
W
Q
V
V
F
I
70
                   
                   
A
F
L
T
G
F
L
A
L
V
80
                   
                   
T
I
I
G
N
I
L
V
I
V
90
                   
          ICL1  
A
F
K
V
N
K
Q
L
K
T
100
                   
TM2              
V
N
N
Y
F
L
L
S
L
A
110
                   
                   
C
A
D
L
I
I
G
V
I
S
120
                   
                   
M
N
L
F
T
T
Y
I
I
M
130
                   
ECL1   TM3    
N
R
W
A
L
G
N
L
A
C
140
                   
                   
D
L
W
L
S
I
D
Y
V
A
150
                   
                   
S
N
A
S
V
M
N
L
L
V
160
                   
                   
I
S
F
D
R
Y
F
S
I
T
170
                   
  ICL2          
R
P
L
T
Y
R
A
K
R
T
180
                   
TM4              
T
K
R
A
G
V
M
I
G
L
190
                   
                   
A
W
V
I
S
F
V
L
W
A
200
                   
                   
P
A
I
L
F
W
Q
Y
F
V
210
                   
  ECL2          
G
K
R
T
V
P
P
G
E
C
220
                   
            TM5  
F
I
Q
F
L
S
E
P
T
I
230
                   
                   
T
F
G
T
A
I
A
A
F
Y
240
                   
                   
M
P
V
T
I
M
T
I
L
Y
250
                 
 
                   
W
R
I
Y
K
E
T
E
K
R
260
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
T
K
E
L
A
G
L
Q
A
S
270
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
ICL3            
G
T
E
A
E
A
E
N
F
V
280
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
H
P
T
G
S
S
R
S
C
S
290
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
S
Y
E
L
Q
Q
Q
G
V
K
300
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
R
S
S
R
R
K
Y
G
R
C
310
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
H
F
W
F
T
T
K
S
W
K
320
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
P
S
A
E
Q
M
D
Q
D
H
330
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
S
S
S
D
S
W
N
N
N
D
340
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
A
A
A
S
L
E
N
S
A
S
350
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
S
D
E
E
D
I
G
S
E
T
360
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
R
A
I
Y
S
I
V
L
K
L
370
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
P
G
H
S
S
I
L
N
S
T
380
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
K
L
P
S
S
D
N
L
Q
V
390
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
S
N
E
D
L
G
T
V
D
V
400
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
E
R
N
A
H
K
L
Q
A
Q
410
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
K
S
M
G
D
G
D
N
C
Q
420
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
K
D
F
T
K
L
P
I
Q
L
430
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
E
S
A
V
D
T
G
K
T
S
440
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
D
T
N
S
S
A
D
K
T
T
450
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
A
T
L
P
L
S
F
K
E
A
460
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
T
L
A
K
R
F
A
L
K
T
470
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
R
S
Q
I
T
K
R
K
R
M
480
 
                  
TM6              
S
L
I
K
E
K
K
A
A
Q
490
                   
                   
T
L
S
A
I
L
L
A
F
I
500
                   
                   
I
T
W
T
P
Y
N
I
M
V
510
                   
            ECL3
L
V
N
T
F
C
D
S
C
I
520
                   
TM7              
P
K
T
Y
W
N
L
G
Y
W
530
                   
                   
L
C
Y
I
N
S
T
V
N
P
540
                   
            H8    
V
C
Y
A
L
C
N
K
T
F
550
                   
                   
R
T
T
F
K
T
L
L
L
C
560
     
 
 
 
 
 
 
 
C-term        
Q
C
D
K
R
K
R
R
K
Q
570
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
Q
Y
Q
Q
R
Q
S
V
I
F
580
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                 
H
K
R
V
P
E
Q
A
L
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
FLAG            
 
                  
  N-term TM1
 
D
P
L
G
G
H
T
I
W
65
                   
                   
Q
V
V
F
I
A
F
L
T
G
75
                   
                   
F
L
A
L
V
T
I
I
G
N
85
                   
                   
I
L
V
I
V
A
F
K
V
N
95
                   
ICL1 TM2      
K
Q
L
K
T
V
N
N
Y
F
105
                   
                   
L
L
S
L
A
C
A
D
L
I
115
                   
                   
I
G
V
I
S
M
N
L
F
T
125
                   
          ECL1  
T
Y
I
I
M
N
R
W
A
L
135
                   
TM3              
G
N
L
A
C
D
L
W
L
S
145
                   
                   
I
D
Y
V
A
S
N
A
S
V
155
                   
                   
M
N
L
L
V
I
S
F
D
R
165
                   
            ICL2
Y
F
S
I
T
R
P
L
T
Y
175
                   
        TM4      
R
A
K
R
T
T
K
R
A
G
185
                   
                   
V
M
I
G
L
A
W
V
I
S
195
                   
                   
F
V
L
W
A
P
A
I
L
F
205
                   
            ECL2
W
Q
Y
F
V
G
K
R
T
V
215
                   
                   
P
P
G
E
C
F
I
Q
F
L
225
                   
  TM5            
S
E
P
T
I
T
F
G
T
A
235
                   
                   
I
A
A
F
Y
M
P
V
T
I
245
                   
                   
M
T
I
L
Y
W
R
I
Y
K
255
       
 
         
E
T
E
K
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
T4 Lysozyme
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
               
TM6          
L
I
K
E
K
K
A
A
489
                   
                   
Q
T
L
S
A
I
L
L
A
F
499
                   
                   
I
I
T
W
T
P
Y
N
I
M
509
                   
                   
V
L
V
N
T
F
C
D
S
C
519
                   
ECL3 TM7      
I
P
K
T
Y
W
N
L
G
Y
529
                   
                   
W
L
C
Y
I
N
S
T
V
N
539
                   
              H8  
P
V
C
Y
A
L
C
N
K
T
549
                   
                   
F
R
T
T
F
K
T
L
L
L
559
       
 
  C-term
C
Q
C
D
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(6)        

SCHEMATIC

Perspective: Wild-type Construct

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
N-term
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
 
 
 
 
TM5
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
ICL3
 
 
 
TM6
 
ECL3
 
TM7
 
H8
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
C-term

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
FLAG
 
 
 N-term
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
 
TM5 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
T4 Lys
 
 
TM6
 
ECL3
 
TM7
 
H8
 
 
C-term 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(6)


DIAGRAMS

ICL1 K Q L K ICL1ECL1 N R W A L ECL1ICL2 P L T Y R A K R ICL2ECL2 K R T V P P G E C F I Q F L S ECL2ICL3 Q A S G T E A E A E N F V H P T G S S R S C S S Y E L Q Q Q G V K R S S R R K Y G R C H F W F T T K S W K P S A E Q M D Q D H S S S D S W N N N D A A A S L E N S A S S D E E D I G S E T R A I Y S I V L K L P G H S S I L N S T K L P S S D N L Q V S N E D L G T V D V E R N A H K L Q A Q K S M G D G D N C Q K D F T K L P I Q L E S A V D T G K T S D T N S S A D K T T A T L P L S F K E A T L A K R F A L K T R S Q I T K R K ICL3ECL3 D S C I ECL3N-term M T L H S N S T T S P L F P N I S S S W V H S P S E A G L P L G T V T Q L G S Y N I S Q E T G N F S S N D T S S D P L G G H N-termC-term Q C D K R K R R K Q Q Y Q Q R Q S V I F H K R V P E Q A L C-term T I W Q V V F I A F L T G F L A L V T I I G N I L V I V A F K V N T V N N Y F L L S L A C A D L I I G V I S M N L F T T Y I I M G N L A C D L W L S I D Y V A S N A S V M N L L V I S F D R Y F S I T R T T K R A G V M I G L A W V I S F V L W A P A I L F W Q Y F V G E P T I T F G T A I A A F Y M P V T I M T I L Y W R I Y K E T E K R T K E L A G L R M S L I K E K K A A Q T L S A I L L A F I I T W T P Y N I M V L V N T F C P K T Y W N L G Y W L C Y I N S T V N P V C Y A L C N K T F K T F R T T L L L C

MUTATIONS

Position Wild-type Mutated

DELETIONS

  • from 1 to 56
  • from 260 to 481
  • from 564 to 589

    • MODIFICATIONS


    AUXILIARY PROTEINS

    Protein_type: tag

    Name: FLAG
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_0 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: prot_cleavage

    Name: TEV protease
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: Within Receptor_1 50:56
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: fusion

    Name: T4 Lysozyme (T4L)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: Within Receptor_0 260:481
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: His(6)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_3 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    EXPRESSION

    Expression method Host cell type Host cell Remarks
    Baculovirus Sf9 Insect Rat

    SOLUBILIZATION

    Solvent type Item Concentration
    detergent DDM 1.0 %w/v
    additive CHS 0.03 %w/v
    detergent sodium cholate 0.2 %w/v

    Remarks:

    PURIFICATION

    Purification type Description
    Alkylation by Iodoacetamide None
    Proteolysis by TEV protease None
    Detergent DDM exchanged with 0.1% LMNG None

    Remarks:None

    CRYSTALLIZATION

    METHOD: sponge mesophase
    TYPE: lipidic cubic phase (LCP) (monoolein (9.9 MAG))
    PROTEIN CONCENTRATION: NA mg/ml
    Temperature: 298 K
    ph : 7.5-7.5

    Remarks: The lipid was in sponge phase under all conditions. The protein was reconstituted in a 2:3 ratio by weight into a 10:1 mixture of monoolein

    Chemical lists

    Type Item Concentration
    Additional
    unknown PEG300 44 % v/v
    unknown Ammonium tartrate 400 mM
    unknown Tris pH 7.5 100 mM
    Detergent
    detergent LMNG 0.01 % w/v
    Lipid
    lipid CHS 0.001 %w/v