ntr1_rat

NAME

4BWB

ORGANISM

Rat (Rattus norvegicus)

PROTEIN NAME

ntr1_rat

SOURCE

SWISSPROT

SEQUENCE

Perspective: Wild-type Construct

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
N-term        
M
H
L
N
S
S
V
P
Q
G
10
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
T
P
G
E
P
D
A
Q
P
F
20
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
S
G
P
Q
S
E
M
E
A
T
30
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
F
L
A
L
S
L
S
N
G
S
40
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
G
N
T
S
E
S
D
T
A
G
50
                   
                   
P
N
S
D
L
D
V
N
T
D
60
                   
TM1              
I
Y
S
K
V
L
V
T
A
I
70
                   
                   
Y
L
A
L
F
V
V
G
T
V
80
   
 
   
 
       
                   
G
N
S
V
T
A
F
T
L
A
90
                   
    ICL1 TM2  
R
K
K
S
L
Q
S
L
Q
S
100
 
 
 
 
 
         
                   
T
V
H
Y
H
L
G
S
L
A
110
               
 
 
                   
L
S
D
L
L
I
L
L
L
A
120
 
   
 
           
                   
M
P
V
E
L
Y
N
F
I
W
130
                   
  ECL1     TM3
V
H
H
P
W
A
F
G
D
A
140
   
 
           
 
                   
G
C
R
G
Y
Y
F
L
R
D
150
                   
                   
A
C
T
Y
A
T
A
L
N
V
160
 
         
 
     
                   
A
S
L
S
V
E
R
Y
L
A
170
                   
      ICL2      
I
C
H
P
F
K
A
K
T
L
180
                   
  TM4            
M
S
R
S
R
T
K
K
F
I
190
                   
                   
S
A
I
W
L
A
S
A
L
L
200
                   
                   
A
I
P
M
L
F
T
M
G
L
210
   
 
             
ECL2            
Q
N
R
S
G
D
G
T
H
P
220
                   
                   
G
G
L
V
C
T
P
I
V
D
230
     
 
 
       
 
TM5              
T
A
T
V
K
V
V
I
Q
V
240
                   
                   
N
T
F
M
S
F
L
F
P
M
250
   
 
           
 
                   
L
V
I
S
I
L
N
T
V
I
260
 
 
 
             
                   
A
N
K
L
T
V
M
V
H
Q
270
                 
 
          ICL3  
A
A
E
Q
G
R
V
C
T
V
280
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
G
T
H
N
G
L
E
H
S
T
290
 
 
 
 
 
         
            TM6  
F
N
M
T
I
E
P
G
R
V
300
       
 
         
                   
Q
A
L
R
H
G
V
L
V
L
310
                   
                   
R
A
V
V
I
A
F
V
V
C
320
                   
                   
W
L
P
Y
H
V
R
R
L
M
330
 
 
               
        ECL3    
F
C
Y
I
S
D
E
Q
W
T
340
 
 
               
TM7              
T
F
L
F
D
F
Y
H
Y
F
350
     
 
     
 
   
                   
Y
M
L
T
N
A
L
F
Y
V
360
 
 
               
                   
S
S
A
I
N
P
I
L
Y
N
370
                   
    H8            
L
V
S
A
N
F
R
Q
V
F
380
                   
                   
L
S
T
L
A
C
L
C
P
G
390
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
C-term        
W
R
H
R
R
K
K
R
P
T
400
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
F
S
R
K
P
N
S
M
S
S
410
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
N
H
A
F
S
T
S
A
T
R
420
 
 
 
 
       
E
T
L
Y

SCHEMATIC

Perspective: Wild-type Construct

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
N-term
 
 
 
 
 
TM1
 
ICL1
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TM2
 
ECL1
 
 
 
 
 
 
 
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
 
 
ECL2
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TM5
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
ICL3
 
 
 
 
 
TM6
 
ECL3
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TM7
 
H8
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
C-term


DIAGRAMS

K S L Q ICL1 H H P W A F ECL1 P F K A K T L M ICL2 G L Q N R S G D G T H P G G L V C T P I V D ECL2 R V C T V G T H N G L E H S T F N M T I E ICL3 S D E Q W ECL3 M H L N S S V P Q G T P G E P D A Q P F S G P Q S E M E A T F L A L S L S N G S G N T S E S D T A G P N S D L D V N T D N-term P G W R H R R K K R P T F S R K P N S M S S N H A F S T S A T R E T L Y C-term I Y S K V L V T A I Y L A L F V V G T V G N S V T A F T L A R K S L Q S T V H Y H L G S L A L S D L L I L L L A M P V E L Y N F I W V G D A G C R G Y Y F L R D A C T Y A T A L N V A S L S V E R Y L A I C H S R S R T K K F I S A I W L A S A L L A I P M L F T M T A T V K V V I Q V N T F M S F L F P M L V I S I L N T V I A N K L T V M V H Q A A E Q G P G R V Q A L R H G V L V L R A V V I A F V V C W L P Y H V R R L M F C Y I T T F L F D F Y H Y F Y M L T N A L F Y V S S A I N P I L Y N L V S A N F L S L C F R Q V T L A C

MUTATIONS

Position Wild-type Mutated
83 |  S G
86 |  A L
101 |  T R
103 |  H D
105 |  H Y
119 |  L F
121 |  M L
124 |  E D
143 |  R K
150 |  D E
161 |  A V
167 |  R L
213 |  R L
234 |  V L
235 |  K R
240 |  V L
253 |  I A
260 |  I A
262 |  N R
263 |  K R
305 |  H R
332 |  C V
342 |  F A
354 |  T S
358 |  F V
362 |  S A

DELETIONS

  • from 1 to 49
  • from 280 to 295
  • from 391 to 424

  • MODIFICATIONS


    AUXILIARY PROTEINS

    Protein_type: fusion

    Name: MBP
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_0 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: His(6)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_1 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: prot_cleavage

    Name: PreScission site (3C)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_2 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: prot_cleavage

    Name: PreScission site (3C)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_3 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: linker

    Name: NNNNN(Asn5)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_4 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: linker

    Name: GSGS
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_5 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: fusion

    Name: TrxA
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_6 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: His(10)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_7 None:None
    Presence in Crystal:NO
    Remarks: None

    EXPRESSION

    Expression method Host cell type Host cell Remarks
    NA E. coli BL21(DE3) Bacteria For mammalian expression, all constructs subcloned in pcDNA3 having FLAG epitope at Nter

    SOLUBILIZATION

    Solvent type Item Concentration
    additive CHS 0.12 %w/v
    additive CHAPS 0.6 %w/v
    detergent DM 1.6 %w/v

    Remarks:

    PURIFICATION

    Purification type Description
    detergent exchange to 0.3 % NG None

    Remarks:None

    CRYSTALLIZATION

    METHOD: vapour diffusion
    TYPE: sitting drops ()
    PROTEIN CONCENTRATION: 5 mg/ml
    Temperature: 4°C
    ph : 5.5-5.5

    Remarks: Crystals were observed after 24 h and grew for about 1 wk in sitting drops containing 1 μL of protein/X-mix solution and1 μL reservoir solution1 % NG, 0.5% DG, 0.01 % DDG, 0.1%CHS

    Chemical lists

    Type Item Concentration
    Additional
    unknown PEG 600 20 %v/v
    unknown CaCl2 0.2 M
    unknown Na-acetate pH 5.5 50 mM
    Detergent
    detergent OG 10 % w/v
    detergent DG 5 % w/v
    detergent DDG 0.1 % w/v
    Lipid
    lipid CHS 1 %w/v