GPCRdb

α_2A-adrenoceptor homology model

PROTEIN CLASS

Class A (Rhodopsin)

RECEPTOR

α_2A-adrenoceptor

SPECIES

Homo sapiens

STATE

Active

VERSION

2021-04-08

MODEL

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

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MAIN TEMPLATE

α_2B-adrenoceptor (sequence similarity: 52%) PDB: 6K42

Align

TEMPLATES

6K42 (α_2B-adrenoceptor)

6K41 (α_2B-adrenoceptor)

6KUW (α_2C-adrenoceptor)

6KUY (α_2A-adrenoceptor)

6PWC (NTS₁ receptor)

7JVQ (D₁ receptor)

6LI0 (GPR52)

None

	Main template (%)	Additional templates (%)	No template - freely modelled (%)
Backbone	75.8	15.2	8.9
Side-chains	57.6	27.2	15.2

Number of backbone templates: 7
Number of rotamer templates: 27

Segment	Seq.num.	AA	GPCRdb#	Backbone	PDB	Rotamer	PDB

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TM1	52	V	1.36x36	α_2B-adrenoceptor	6K42	5-HT_1B receptor	6G79
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ICL2	156	Y	34.53x53	α_2A-adrenoceptor	6KUY	α_2A-adrenoceptor	6KUY
ICL2	157	N	34.54x54	α_2A-adrenoceptor	6KUY	α_2A-adrenoceptor	6KUY
ICL2	158	L	34.55x55	α_2A-adrenoceptor	6KUY	AT₁ receptor	6DO1
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ICL2	160	R	34.57x57	-	-	-	-
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TM4	177	A	4.54x54	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
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TM4	181	F	4.58x58	α_2B-adrenoceptor	6K42	D₁ receptor	7JVQ
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TM4	185	I	4.62x62	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
ECL2	186	S	-	-	-	-	-
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ECL2	205	I	45.52x52	α_2B-adrenoceptor	6K42	D₂ receptor	7JVR
ECL2	206	N	-	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
ECL2	207	D	-	α_2B-adrenoceptor	6K42	-	-
TM5	208	Q	5.35x36	α_2B-adrenoceptor	6K42	M₁ receptor	6WJC
TM5	209	K	5.36x37	α_2B-adrenoceptor	6K42	OX₂ receptor	7L1V
TM5	210	W	5.37x38	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM5	211	Y	5.38x39	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM5	212	V	5.39x40	α_2B-adrenoceptor	6K42	D₂ receptor	7JVR
TM5	213	I	5.40x41	α_2B-adrenoceptor	6K42	D₃ receptor	7CMV
TM5	214	S	5.41x42	α_2B-adrenoceptor	6K42	D₁ receptor	7JVQ
TM5	215	S	5.42x43	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM5	216	C	5.43x44	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2A-adrenoceptor	6KUX
TM5	217	I	5.44x45	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM5	218	G	5.45x46	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM5	219	S	5.46x461	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM5	220	F	5.47x47	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM5	221	F	5.48x48	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM5	222	A	5.49x49	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM5	223	P	5.50x50	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM5	224	C	5.51x51	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM5	225	L	5.52x52	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM5	226	I	5.53x53	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM5	227	M	5.54x54	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM5	228	I	5.55x55	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM5	229	L	5.56x56	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM5	230	V	5.57x57	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM5	231	Y	5.58x58	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM5	232	V	5.59x59	α_2B-adrenoceptor	6K42	EP₄ receptor	7D7M
TM5	233	R	5.60x60	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM5	234	I	5.61x61	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM5	235	Y	5.62x62	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM5	236	Q	5.63x63	α_2B-adrenoceptor	6K42	β₂-adrenoceptor	3SN6
TM5	237	I	5.64x64	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM5	238	A	5.65x65	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM5	239	K	5.66x66	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM5	240	R	5.67x67	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM5	241	R	5.68x68	α_2B-adrenoceptor	6K42	D₂ receptor	7JVR
TM5	242	T	5.69x69	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2A-adrenoceptor	6KUX
TM5	243	R	5.70x70	D₁ receptor	7JVQ	D₁ receptor	7JVQ
TM5	244	V	5.71x71	D₁ receptor	7JVQ	-	-
TM5	245	P	5.72x72	D₁ receptor	7JVQ	-	-
TM5	246	P	5.73x73	D₁ receptor	7JVQ	-	-
TM5	247	S	5.74x74	D₁ receptor	7JVQ	A_2A receptor	4UHR
TM5	248	R	5.75x75	D₁ receptor	7JVQ	CB₁ receptor	6KPG
ICL3	249	R	-	-	-	-	-
ICL3	250	G	-	-	-	-	-
ICL3	251	P	-	-	-	-	-
ICL3	252	D	-	-	-	-	-
ICL3	253	A	-	-	-	-	-
ICL3	373	K	-	-	-	-	-
ICL3	374	A	-	-	-	-	-
ICL3	375	S	-	-	-	-	-
ICL3	376	R	-	-	-	-	-
ICL3	377	W	-	-	-	-	-
TM6	378	R	6.24x24	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	379	G	6.25x25	α_2B-adrenoceptor	6K42	NTS₁ receptor	5T04
TM6	380	R	6.26x26	α_2B-adrenoceptor	6K42	NTS₁ receptor	5T04
TM6	381	Q	6.27x27	α_2B-adrenoceptor	6K42	D₂ receptor	7JVR
TM6	382	N	6.28x28	α_2B-adrenoceptor	6K42	H₁ receptor	7DFL
TM6	383	R	6.29x29	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	384	E	6.30x30	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	385	K	6.31x31	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	386	R	6.32x32	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	387	F	6.33x33	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	388	T	6.34x34	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	389	F	6.35x35	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	390	V	6.36x36	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	391	L	6.37x37	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	392	A	6.38x38	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	393	V	6.39x39	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	394	V	6.40x40	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	395	I	6.41x41	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	396	G	6.42x42	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	397	V	6.43x43	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	398	F	6.44x44	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	399	V	6.45x45	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	400	V	6.46x46	α_2B-adrenoceptor	6K42	D₃ receptor	7CMV
TM6	401	C	6.47x47	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	402	W	6.48x48	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	403	F	6.49x49	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	404	P	6.50x50	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	405	F	6.51x51	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	406	F	6.52x52	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	407	F	6.53x53	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	408	T	6.54x54	α_2B-adrenoceptor	6K42	D₂ receptor	7JVR
TM6	409	Y	6.55x55	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	410	T	6.56x56	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2A-adrenoceptor	6KUX
TM6	411	L	6.57x57	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	412	T	6.58x58	α_2B-adrenoceptor	6K42	A_2A receptor	4UHR
TM6	413	A	6.59x59	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM6	414	V	6.60x60	α_2B-adrenoceptor	6K42	OX₂ receptor	7L1V
TM6	415	G	6.61x61	α_2B-adrenoceptor	6K42	κ receptor	6B73
ECL3	416	C	-	-	-	-	-
ECL3	417	S	-	GPR52	6LI0	-	-
ECL3	418	V	-	-	-	-	-
TM7	419	P	7.31x30	α_2C-adrenoceptor	6KUW	α_2C-adrenoceptor	6KUW
TM7	420	R	7.32x31	α_2C-adrenoceptor	6KUW	LPA₆ receptor	5XSZ
TM7	421	T	7.33x32	α_2C-adrenoceptor	6KUW	M₁ receptor	6OIJ
TM7	422	L	7.34x33	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM7	423	F	7.35x34	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM7	424	K	7.36x35	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2C-adrenoceptor	6KUW
TM7	425	F	7.37x36	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM7	426	F	7.38x37	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM7	427	F	7.39x38	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM7	428	W	7.40x39	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM7	429	F	7.41x40	α_2B-adrenoceptor	6K42	D₁ receptor	7JVQ
TM7	430	G	7.42x41	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM7	431	Y	7.43x42	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM7	432	C	7.44x43	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM7	433	N	7.45x45	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM7	434	S	7.46x46	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM7	435	S	7.47x47	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM7	436	L	7.48x48	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM7	437	N	7.49x49	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM7	438	P	7.50x50	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM7	439	V	7.51x51	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM7	440	I	7.52x52	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM7	441	Y	7.53x53	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM7	442	T	7.54x54	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM7	443	I	7.55x55	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
TM7	444	F	7.56x56	α_2A-adrenoceptor	6KUY	α_2A-adrenoceptor	6KUY
H8	445	N	8.47x47	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
H8	446	H	8.48x48	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2A-adrenoceptor	6KUX
H8	447	D	8.49x49	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
H8	448	F	8.50x50	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
H8	449	R	8.51x51	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
H8	450	R	8.52x52	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
H8	451	A	8.53x53	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
H8	452	F	8.54x54	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
H8	453	K	8.55x55	α_2B-adrenoceptor	6K42	H₁ receptor	7DFL
H8	454	K	8.56x56	α_2B-adrenoceptor	6K42	D₂ receptor	7JVR
H8	455	I	8.57x57	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
H8	456	L	8.58x58	α_2B-adrenoceptor	6K42	α_2B-adrenoceptor	6K42
H8	457	C	8.59x59	α_2A-adrenoceptor	6KUY	α_2A-adrenoceptor	6KUY
H8	458	R	8.60x60	α_2A-adrenoceptor	6KUY	α_2A-adrenoceptor	6KUX
C-term	459	G	-	-	-	-	-
C-term	460	D	-	-	-	-	-
C-term	461	R	-	-	-	-	-
C-term	462	K	-	-	-	-	-
C-term	463	R	-	-	-	-	-

α2A-adrenoceptor homology model