mGlu6 receptor homology model

PROTEIN CLASS

Class C (Glutamate)

RECEPTOR

SPECIES

Homo sapiens

STATE

Active

VERSION

2021-04-08

MODEL

PDB file contains GPCRdb generic numbers in the B-factor field of CA atoms

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MAIN TEMPLATE

GABAB2 (sequence similarity: 19%) PDB: 7C7Q

TEMPLATES

7C7Q (GABAB2)
6FFI (mGlu5 receptor)
5CGD (mGlu5 receptor)
4OO9 (mGlu5 receptor)
None
Main template (%) Additional templates (%) No template - freely modelled (%)
Backbone 86.8 3.3 9.9
Side-chains 65.5 12.1 22.4

Number of backbone templates: 4
Number of rotamer templates: 7

Segment Seq.num. AA GPCRdb# Backbone PDB Rotamer PDB
N-term 54 G - GABAB2 7C7Q GABAB2 7C7Q
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N-term 583 S - - - - -
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TM5 767 V 5.56x56 GABAB2 7C7Q - -
TM5 768 Y 5.57x57 GABAB2 7C7Q mGlu5 receptor 6FFI
TM5 769 A 5.58x58 GABAB2 7C7Q GABAB2 7C7Q
TM5 770 I 5.59x59 GABAB2 7C7Q - -
TM5 771 K 5.60x60 GABAB2 7C7Q mGlu5 receptor 6FFI
TM5 772 A 5.61x61 GABAB2 7C7Q - -
ICL3 773 R - - - - -
ICL3 774 G - mGlu5 receptor 5CGD - -
ICL3 775 V - mGlu5 receptor 5CGD mGlu5 receptor 5CGD
ICL3 776 P - mGlu5 receptor 5CGD mGlu5 receptor 5CGD
ICL3 777 E - mGlu5 receptor 5CGD - -
ICL3 778 T - mGlu5 receptor 5CGD - -
ICL3 779 F - mGlu5 receptor 5CGD mGlu5 receptor 5CGD
ICL3 780 N - - - - -
TM6 781 E 6.35x35 GABAB2 7C7Q mGlu5 receptor 6FFI
TM6 782 A 6.36x36 GABAB2 7C7Q mGlu5 receptor 6FFI
TM6 783 K 6.37x37 GABAB2 7C7Q GABAB2 7C7Q
TM6 784 P 6.38x38 GABAB2 7C7Q - -
TM6 785 I 6.39x39 GABAB2 7C7Q GABAB2 7C7Q
TM6 786 G 6.40x40 GABAB2 7C7Q GABAB2 7C7Q
TM6 787 F 6.41x41 GABAB2 7C7Q mGlu5 receptor 6FFI
TM6 788 T 6.42x42 GABAB2 7C7Q mGlu5 receptor 6FFI
TM6 789 M 6.43x43 GABAB2 7C7Q mGlu5 receptor 6FFI
TM6 790 Y 6.44x44 GABAB2 7C7Q GABAB2 7C7Q
TM6 791 T 6.45x45 GABAB2 7C7Q mGlu5 receptor 6FFI
TM6 792 T 6.46x46 GABAB2 7C7Q mGlu5 receptor 6FFI
TM6 793 C 6.47x47 GABAB2 7C7Q mGlu5 receptor 6FFI
TM6 794 I 6.48x48 GABAB2 7C7Q GABAB2 7C7Q
TM6 795 I 6.49x49 GABAB2 7C7Q mGlu5 receptor 6FFI
TM6 796 W 6.50x50 GABAB2 7C7Q mGlu5 receptor 6FFI
TM6 797 L 6.51x51 GABAB2 7C7Q GABAB1 6W2Y
TM6 798 A 6.52x52 GABAB2 7C7Q mGlu5 receptor 6FFI
TM6 799 F 6.53x53 GABAB2 7C7Q mGlu5 receptor 6FFI
TM6 800 V 6.54x54 GABAB2 7C7Q mGlu5 receptor 6FFI
TM6 801 P 6.55x55 GABAB2 7C7Q GABAB1 6W2Y
TM6 802 I 6.56x56 GABAB2 7C7Q mGlu5 receptor 6FFI
TM6 803 F 6.57x57 GABAB2 7C7Q - -
TM6 804 F 6.58x58 GABAB2 7C7Q GABAB2 7C7Q
TM6 805 G 6.59x59 GABAB2 7C7Q mGlu5 receptor 6FFI
TM6 806 T 6.60x60 GABAB2 7C7Q GABAB2 7C7Q
ECL3 807 A - - - - -
ECL3 808 Q - - - - -
ECL3 809 S - - - - -
ECL3 810 A - - - - -
ECL3 811 E - - - - -
ECL3 812 K - - - - -
ECL3 813 I - - - - -
ECL3 814 Y - - - - -
TM7 815 I 7.27x28 GABAB2 7C7Q - -
TM7 816 Q 7.28x29 GABAB2 7C7Q GABAB2 7C7Q
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TM7 819 T 7.31x32 GABAB2 7C7Q mGlu5 receptor 6FFI
TM7 820 L 7.32x33 GABAB2 7C7Q - -
TM7 821 T 7.33x34 GABAB2 7C7Q - -
TM7 822 V 7.34x35 GABAB2 7C7Q - -
TM7 823 S 7.35x36 GABAB2 7C7Q mGlu5 receptor 6FFI
TM7 824 L 7.36x37 GABAB2 7C7Q - -
TM7 825 S 7.37x38 GABAB2 7C7Q mGlu5 receptor 6FFI
TM7 826 L 7.38x39 GABAB2 7C7Q mGlu5 receptor 6FFI
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TM7 828 A 7.40x41 GABAB2 7C7Q mGlu5 receptor 6FFI
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TM7 830 V 7.42x43 GABAB2 7C7Q mGlu5 receptor 6FFI
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H8 851 V 8.50x50 - - - -
H8 852 Q 8.51x51 - - - -
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H8 856 R 8.55x55 - - - -
H8 857 S 8.56x56 - - - -
H8 858 L 8.57x57 - - - -
C-term 859 K - - - - -
C-term 860 A - - - - -
C-term 861 T - - - - -
C-term 862 S - - - - -
C-term 863 T - - - - -